Alen Pamić debutó en 2007 a los 18 años de edad con el NK Karlovac.
En 2010, tras dos años en el club croata, fue fichado por el Standard Lieja de Bélgica.
En 2011 regresó a su patria, jugando 10 partidos de liga con el NK Istra 1961, entrenado por su padre.
La siguiente temporada jugó 14 partidos y marcó un gol.
Después de eso no volvió a jugar más partidos como profesional, a la espera de los exámenes médicos para tratar sus problemas cardíacos.