Dentro de la función pública, ha sido diputado federal en la LIII, LV y LXI legislaturas, donde presidió diversas comisiones y coordinó la fracción parlamentaria del PRD.Senador de la República en la LXII y LXIII Legislatura.Presidió las delegaciones que participaron en las reuniones interparlamentarias sobre hábitat, desarrollo sustentable y asentamientos humanos, en Vancouver, Canadá y Nairobi, Kenia.Ante la determinación de la Convención Nacional Democrática de evitar que el entonces presidente Vicente Fox encabezara el Grito de Independencia en la plancha del Zócalo, Alejandro Encinas se encargó de presidir la ceremonia desde el balcón del Antiguo Palacio del Ayuntamiento en medio del apoyo ciudadano.(El Grito que no pudieron callar)[5] En el año 2009 fue elegido diputado del Distrito Federal por el principio de representación proporcional y fungió como el Coordinador del Grupo parlamentario del Partido de la Revolución Democrática en la LXI Legislatura.[7] Entre las críticas hacia la dirigencia del partido señaló que se han violado los postulados que le dieron origen, se han revertido los procesos unitarios e instaurado prácticas como el clientelismo, el fraude electoral, la compra de votos en sus procesos internos, la impunidad y la violación de sus propias normas, la malversación de sus recursos públicos, el moche legislativo o “el condicionar el empleo al pago de un diezmo del salario de los trabajadores.Se ha llegado al extremo de vender candidaturas y postular a delincuentes como sus candidatos”, denunció.
