Después de varios años ejerciendo en la empresa privada, en 1992 accede a la Junta de Galicia como ingeniero en funciones facultativas.

Agustín Hernández, pasó diversos puestos de responsabilidad en la administración autonómica y fue nombrado director general de Obras Públicas de la Junta de Galicia entre los años 1998 y 2005.

Después de un paso por las empresas constructoras Sercoysa y Puentes y Calzadas, vuelve al sector público en la Diputación de Pontevedra como Director de Infraestructuras de ésta.

El 24 de mayo de 2015, pierde las elecciones municipales ante la plataforma ciudadana Compostela Aberta, formada unos meses antes y pasa a liderar la oposición en el ayuntamiento tras la toma de posesión de Martiño Noriega Sánchez.

Tras esa etapa en la política local compostelana, Hernández es nombrado presidente del Consello Económico e Social de Galicia[1], órgano consultivo de la Junta de Galicia en materia socioeconómica.