Como las otras entidades públicas del sector, SENASA enfrenta muchos desafíos, ya que no tiene la capacidad suficiente como para brindar un apoyo adecuado al constantemente creciente número de Juntas.

Sin embargo hay otros actores, como Itaipú, Yacyretá, gobernaciones, ONG y otras entidades que construyen sistemas de agua en las zonas rurales.

Ante esta situación se deduce una fuerte atomización del sector, como dato referencial se tiene que el 60% del total de prestadores tiene menos de 100 conexiones, y el 87% no pasan las 300 conexiones.

Un estimado 500 proveedores privados e informales llamados “Aguateros” brindan servicios a aproximadamente 500,000 personas, principalmente en la zona metropolitana de Asunción.

Estos aguateros operan sistemas a pequeña escala de hasta 5,000 conexiones.

"[4]​ Aproximadamente 2,500 Juntas de Saneamiento brindan servicios en las zonas rurales y en algunas pequeñas ciudades.

Las asociaciones acompañan las Juntas en el funcionamiento y mantenimiento de las sistemas.

No obstante los desafíos que aún subsisten, la expansión del abastecimiento de agua y del saneamiento a las zonas rurales, fundamentada en un marco institucional y de política sustentable, ha sido considerada un éxito importante.

Las primeras Juntas se crearon con la ayuda de un préstamo que el Banco Mundial otorgó a Paraguay para el abastecimiento de agua y el saneamiento en zonas rurales en 1977, fomentando así una alianza exitosa a largo plazo que perdura hasta la fecha.

[5]​ En 2000 se ha establecido el Ente Regulador de Servicios Sanitarios (ERSSAN).

Las cuentas de la Junta son sujetos anualmente a una auditoría externa.

Todas las conexiones tenían medidores y la facturación del consumo superior a los 10 metros cúbicos se hizo en base del consumo actual a un precio de 155 guaraníes (US$ 0.25) por metro cúbico.

Sin embargo, el ritmo de incremento tarifario no fue el mismo que el ritmo acelerado de la inflación en los años siguientes y las tarifas disminuyeron entonces en términos reales a 11.321 guaraníes por mes en 2003.

Por ende, resulta imposible financiar las inversiones necesarias para ampliar la cobertura y para mejorar la calidad de los servicios.

En áreas rurales las inversiones en agua y saneamiento se financian de la forma siguiente para sistemas con 150 conexiones o más: Para sistemas con menos de 150 conexiones la contribución comunitaria en efectivo esta menor y el subsidio mayor.

En consecuencia, el Banco es una de las instituciones en la cual el Gobierno pone mucha confianza para asistir en el sector.

[11]​ AECID (Agencia Española de Cooperación Internacional para el Desarrollo) El gobierno español aportó una inversión de 76.238.253 euros, que sumada a una inversión local paraguaya de 53.231.766 euros es lo que se viene a llamar "Fondo del Agua en Paraguay".

La morosidad tiene un “efecto domino” ya que al no recibir ingresos, las juntas tampoco pueden cumplir con sus obligaciones con el SENASA, que en torno, necesita los recursos para su mantenimiento y también para cubrir con obligaciones con el Banco Mundial.

Por estar más próximo de los clientes, el taller concluyó que los administradores locales deben solucionar el problema de la morosidad y que los síndicos deben ser los principales controladores exigentes para remediar el problema.