En la fase final, disputada en Basauri, el torrejón quedó en cuarta posición tras perder ante el Rayo Vallecano en semifinales y el F. C. Barcelona en el partido por el tercer puesto.
Sin embargo, este ascenso no pudo completarse, ya que el club se negó a dar apoyo económico tras ascender también su sección masculina y prescindió del equipo femenino en la categoría nacional.
Pese a estas dificultades, compitieron en la temporada 2013/2014 en la máxima categoría regional en la comunidad de Madrid (Preferente de fútbol femenino), finalizando la temporada en el octavo puesto, que le daba derecho a conservar la categoría.
No obstante, esta sección se encuentra totalmente disuelta en la actualidad debido principalmente a la falta de recursos económicos.
Durante su existencia, la sección femenina de la AD Torrejón CF jugaba sus partidos en el Estadio Las Veredillas, a igual que los equipos masculinos del club.