La agaropectina es uno de los dos componentes principales del agar y consiste principalmente de ácido D-glucarónico y y ácido pirúvico[1] La agaropectina, que compone aproximadamente el 30% del agar, es un polisacárido variado y contiene una estructura similar a la de la agarosa, puesto que también está formada por galactosas alternadas, pero con una alta abundancia de grupos ácidos, como los sulfatos, el ácido D-glucurónico y pequeños porcentajes de ácido pirúvico.Además, la agaropectina es más variada y ramificada que la agarosa.Este proceso puede ser usado para separar los dos polisacáridos por medio del fraccionamiento.[2] A diferencia de la agarosa, la agaropectina no es habitual en técnicas que requieren redes gelificadas.Sin embargo, es usual que se desarrolle en métodos de análisis basados en propiedades eléctricas.
