Poco se sabe acerca de Afonso II y su efímero reinado.
Se cree que pudo haber sido un hijo ilegítimo de Diogo I,[1] si bien algunas fuentes consideran que ambos eran hermanos;[2] cualquiera de las dos circunstancias habría facilitado su acceso a la corona.
Hacia 1555, seis años antes de la subida al trono del Afonso II, el rey Diogo I había cortado todas las relaciones que mantenía el país hasta entonces con Portugal, expulsando a todos los portugueses del reino.
Los portugueses intentaron regresar, conspirando con otro pretendiente al trono más favorable a sus intereses.
La conspiración, sin embargo, no salió como esperaban los portugueses, ya que los portugueses que regresaron al país para apoyar el magnicidio y al nuevo rey fueron de nuevo expulsados o murieron en los disturbios populares que se produjeron durante ese mismo año de 1561.