Antes de su carrera como político, fue abogado y jurista.
Afonso Pena presidió a continuación la Asamblea Constituyente de Minas Gerais en los primeros años de la república.
Fue gobernador del estado de Minas Gerais entre 1892 y 1894, siendo el primer gobernador de Minas Gerais a ser elegido por voto directo.
Fue presidente del Banco do Brasil, de 1895 a 1898 y después senador por Minas Gerais.
Nilo Peçanha fue elegido, en la misma fecha, su vicepresidente.