A menudo se reproducen en colonias mixtas de especies con mérgulos mínimos (Aethia pusilla), sus congéneres más pequeños.

El mérgulo empenachado es reconocido principalmente por dos caracteres en la época de cría.

El segundo es un olor social que los mérgulos producen durante la temporada de cría, que ha sido descrito como con olor a mandarinas.

Su dieta consiste principalmente de krill, pero también comen copépodos, pterópodos (como Limacina), anfípodos y larvas de peces.

Sus principales depredadores son el arenque, gaviotas, zorro ártico y los cuervos, pero se han reportado en los estómagos del halibut capturado en la isla San Lorenzo.