Actualmente, éste aeropuerto sirve primariamente a las personas que hacen su peregrinaje hacia la cercana Međugorje.
Las directivas del Aeropuerto Internacional de Mostar están inclusive considerando una posible sociedad estratégica con inversores extranjeros interesados en la compañía, o alternativamente, el realizar la privatización de forma total o parcial mediante la figura de concesión a un tercero.
Mistral Air opera muchos de sus vuelos desde y hasta el Aeropuerto Internacional de Mostar, seguida en cantidad de servicios por otras aerolíneas como Meridiana y la línea aérea nacional, B&H Airlines.
Ryanair actualmente está en discusiones con las autoridades del Aeropuerto Internacional de Mostar para acordar el posible inicio de sus rutas hacia la región europea de Escandinavia, Alemania y los Países Bajos desde esta terminal.
Si se concluyen de forma exitosa dichas negociaciones, los vuelos iniciarían para marzo del 2015.