Su verdadero interés fueron, sin embargo, las hierbas y el estudio de la botánica.
Su primera obra importante sobre hierbas fue: Kräuterbuch, publicada en 1557, con una gran parte dedicada a la destilación.
Lonicer reconoció sus fuentes de su libro: Jean Ruelle, Valerius Cordus, Pietro Andrea Mattioli, Hieronymus Braunschweig y Conrad Gessner, entre otros.
Lonicer se casó con Magdalena Egenolff, hija del editor de Fráncfort Christian Egenolff.
Cuando este falleció en 1555, Lonitzer se convirtió en director de la firma, llegando a publicar no menos de cuatro ediciones del Kräuterbuch entre 1557 y 1577.