El proyecto para la creación de un acuario nacional en Malta se remonta a 1993.

[3]​ El edificio que alberga el Acuario, cuya forma se asemeja a una estilizada estrella de mar,[4]​ está ubicado frente al mar y cuenta con unas instalaciones recreativas para niños y un restaurante.

[8]​ Además de peces y moluscos, el museo también alberga un terrario con varios tanques que contienen reptiles, anfibios (ranas, camaleones y serpientes entre otros) e invertebrados exóticos.

[11]​ Entre las especies alojadas en el Acuario hay, entre otras, ejemplares de tiburones gato,[12]​ peces payaso,[13]​ pulpos y diferentes tipos de medusas,[14]​ alojados en tanques temáticos especiales.

En 2020, debido al cierre temporal del sitio por la pandemia de COVID-19 en Malta, se llevaron a cabo trabajos de mantenimiento y expansión en el sitio.