El mismo año, la Academia Naval Imperial Japonesa se trasladó de Tsukiji a Etajima en la Prefectura de Hiroshima.
La Armada se dirigió al Reino Unido en busca de asistencia para modernizar y occidentalizar, y la Royal Navy proporcionó asesores militares para ayudar en el desarrollo del plan de estudios.
El primer director de la Escuela de Guerra Naval fue Inoue Kaoru y uno de los primeros asesores extranjeros fue el capitán John Ingles, que dio clases en la universidad desde 1887 hasta 1893.
En comparación con la Academia de Guerra del Ejército, a los oficiales de la Marina les llevó más tiempo solicitar la admisión a la Academia de Guerra Naval.
Sus edificios fueron entregados al Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas del Ministerio de Salud y fueron demolidos en 1999.