Recibió su Almajiri (sistema educativo islámico nigeriano) cerca de Maiduguri bajo un profesor conocido como Baba Fanani.

Tras estos primeros estudios, Shekau se mudó a Maiduguri donde ingresó en 1991 en el Borno College of Legal and Islamic Studies (BOCOLIS), graduándose más tarde en 2004.

[6]​ Allí conoció al predicador islamista Mohammed Yusuf, quien había fundado la secta Yusuffiya innicialmente encabezan actividades pacíficas, pronto comenzó a desarrollar violencia contra la población.

Aquí no se evidencian muestras de terrorismo radicalizado, tan solo era una escuela Jihadista con claros matices anticristianos.

Boko Haram fue fundada por Mohammed Yusuf en 2002 en la ciudad de Maiduguri, aunque más tarde su sede fue trasladada a Kanamma (Yobe).

Hoy en día, este grupo sigue presente y activo, pero en 2015 se anexionaron al Estado Islámico.

El grupo terrorista sufrió una vuelta de tornos cuando Shekau se convirtió en su líder, haciéndose más radical y violento.

Dicha lucha de guerrillas consistía en usar el efecto sorpresa mediante hombres-bomba, tiroteos a coche, y, también, ataques meditados contra ciudades.

Por ejemplo, en 2014 cuando atacaron la Government Secondary School en Damaturu o, en 2012, cuando se produjo el ataque contra la Universidad de Bayero Kano.

Boko Haram se convirtió así en la "Provincia de África Occidental del Estado Islámico" (ISWAP).

[8]​ El investigador Aymenn Jawad Al-Tamimi resumió que el líder de Boko Haram demostró ser "demasiado extremista incluso para los estándares del Estado Islámico".

Como resultado, el movimiento rebelde se dividió en una facción leal a Shekau ("Jama'at Ahl al-sunna li-l-Da'wa wa-l-Jihad", generalmente conocida como "Boko Haram"), y una pro-Daesh liderada por Abu Musab al-Barnawi (que continuó llamándose "Provincia de África Occidental del Estado Islámico").

Desde entonces, estos dos grupos se han enfrentado entre sí, aunque posiblemente cooperaron ocasionalmente contra los gobiernos locales.