Durante su militancia en el PPA conoció a otros cargos importantes del Frente de Liberación Nacional (FLN), Mohamed Boudiaf, Larbi Ben M’hidi y Lakhdar Bentobal.
No tardó en instalarse en Uchda (Marruecos), dónde formó el tándem Boussouf-Bumedián,[4] con el coronel Huari Bumedián, juntos abastecerían en armamento al Ejército de Liberación Nacional, brazo armado del FLN.
También tuvo un papel importante en la formación de jóvenes espías del FLN, «los boussouf boys».
Boussouf fue un estadista convencido, entre sus referentes políticos se encontraban Napoleón, Franco y Stalin.
El Ministerio de Armamento y Enlaces Generales (MALG) se convirtió en el SM (Seguridad Militar), con Kadsi Merbah al mando.
Los jóvenes que trabajaron en secreto para las oficinas del MALG en Libia, Túnez, Marruecos y otros lugares, recibieron el apodo de «Boussouf boys».
El terror servía para imponer el poder, suscitar la delación, sembrar la sospecha, evitar la crítica, la organización y la revuelta.
La fábrica tuvo trabajando a casi 300 obreros especializados, originarios de Francia, Gran Bretaña, Grecia, Holanda, Alemania, Argentina y Argelia, encerrados en granjas industriales clandestinas.
Desde junio de 1957, una lucha por el liderazgo opuso a Abane Ramdane y Krim.
Tanto Krim, por un lado, y Ben Tobbal y Boussouf, por otro, recurrieron al argumento histórico, Krim reivindicaba su pertenencia al "Comité de los seis", fundadores del FLN, cuando Boussouf y Ben Tobbal afirmaban que los verdaderos fundadores del FLN eran los que participaron en el "Comité de los 22", como ellos, pero del que Krim no llegó a formar parte.
De hecho, fue en parte bajo la influencia de Boussouf y Ben Tobbal que se retomó las acciones terroristas en Argelia y se extendió la lucha armada a la metrópoli francesa; aunque aquella fue reativamente limitada.
En los últimos años de la guerra, a la vez que iban creciendo las críticas internas hacia los « 3 B », en particular contra Krim Belkacem, Bumedián se fue alejando de sus compañeros para hacerse con el control total del aparato militar, heredando del sistema Boussouf.