Copa AFC

Los campeones de grupo y los tres mejores equipos clasificados avanzaron a una fase eliminatoria, en la que los enfrentamientos se decidían por sorteo.En 2005, la competencia mantuvo su estructura con 18 equipos de nueve países, permitiendo que cada nación eligiera entre uno o dos representantes.Ese año, el equipo jordano Al-Faisaly venció a Al-Nejmeh de Líbano en la final, marcando el inicio de una época dorada para los clubes jordanos, quienes ganaron las siguientes dos ediciones del torneo.En esos años, Baréin también comenzó a participar en la Copa, mientras que Bangladés fue relegado a la Copa Presidente de la AFC, una competición de tercer nivel que se mantuvo hasta su abolición en 2014.En 2008, el club bahreiní Al-Muharraq rompió la hegemonía jordana y se coronó campeón en la última final disputada a doble partido.