El equipo se fundó en 1976, y su nombre fue un homenaje al destacado futbolista de ese cantón Asdrúbal "Yuba" Paniagua.División de Ascenso) 1978-79 fue campeón indiscutible por Heredia y juega la octagonal final nacional.En ese mismo año 1979, pero en categoría juvenil el Yuba Paniagua pierde la final provincial ante el Atlético Ortho de Cubujuquí con un marcador de tres goles por uno; sin embargo ambos avanzan a la ronda nacional contra los demás representantes.En ese 1980 los yubenses logran otro subcampeonato provincial de Cuartas Divisiones Juveniles, ahora frente a Club Sport Herediano.Para 1985 los yubenses descienden a la Segunda B de ANAFA y al año siguiente ya están en la Tercera División.
El Deportivo Yuba Paniagua F.C es el nuevo campeón distrital de terceras divisiones por San Rafael de Heredia en 1976.
