[1][2] En la temporada 2014-15 el club cambió su nombre a A. D. Golfito Zona Sur y luego del ascenso logrado en la temporada 2017-18 a Segunda División, es renombrado Puerto Golfito F. C. En la temporada 2017-18 la A. D. Golfito Zona Sur logró su ascenso a la Segunda División de Costa Rica tras derrotar en la final al Desamparados F. C. en la final de LINAFA en la tanda de penales 5 a 4, tras empatar en el global 4 a 4, tras empatar el primer juego en Golfito 3 a 3 y empatar el segundo juego de la final en el Estadio Jorge Hernán "Cuty" Monge de Desamparados 1 a 1.
[3] Para la Temporada 2023-2024, el equipo decide cambiar su sede a San Isidro del General, debido a diferencias entre el club y la Municipalidad de Golfito para utilizar el Estadio Fortunato Atencio y debido a una deuda que acarrea con un equipo internacional y ante esto la FIFA ha tomado la decisión de cerrarles la posibilidad de poder registrar jugadores en FIFA Connect.
[4] Ante esto la dirigencia decide irse del cantón para jugar a partir del Apertura 2023 en el Valle del General y utilizar el Estadio Municipal de Pérez Zeledón para sus partidos en casa.
El equipo de Puerto Golfito perdió la categoría tras no cumplir los requisitos mínimos de competición y por no presentarse en las últimas 3 fechas del Torneo de Apertura 2023.
Por ende se le suspendió la franquicia y licencia de competición en el Clausura 2024.