La 99.ª Brigada Mixta fue una unidad del Ejército Popular de la República que luchó en la guerra civil española.
Dos de sus batallones —el 393.º y el 394.º— llegaron a tomar parte en los combates de Quijorna, el 22 de julio, pero tuvieron una mala actuación y además sufrieron importantes pérdidas; como consecuencia de las mismas, la brigada fue retirada a retaguardia (al sector de Torrelodones) y sometida a una reorganización.
[2] No volvió a tomar parte en operaciones militares de relevancia.
En marzo de 1939, durante el golpe de Casado, la brigada apoyó a las fuerzas casadistas y marchó hacia Madrid, ocupando los distritos de Chamartín y Fuencarral.
Unas semanas después, con el final de la guerra, la unidad se autodisolvió.