Las perlas que contienen genotecas de ADN molde monocatenario se añaden a la DNA Bead Incubation Mix (que contiene ADN polimerasa) y son cubiertas por Enzyme Beads (sulfurilasa y luciferasa) en un dispositivo PicoTiterPlate.
El dispositivo PicoTiterPlate cargado se coloca en el Genome Sequencer FLX Instrument.
Cuando se añade un nucleótido complementario a la cadena molde en un pocillo, la polimerasa extiende la cadena de ADN existente mediante la adición de nucleótido(s).
La adición de uno (o más) nucleótido(s) genera una señal luminiscente que es registrada por la cámara CCD en el instrumento.
Los datos se almacenan en archivos de formato estándar flowgram (SFF) para su análisis downstream (aguasabajo).