Los playoffs de 1999 también estuvieron marcados por la primera aparición de los Philadelphia 76ers desde que llegasen hasta la segunda ronda y fuesen vencidos por los Chicago Bulls, y también su primera aparición desde que seleccionasen en el draft de 1996 a Allen Iverson en el primer puesto.
Iverson lideraría más tarde a los Sixers hasta las finales de 2001.
Los Miami Heat tenían el mejor récord de la Conferencia Este pero solo pudo usar la ventaja de campo en la primera ronda, ya que fueron elimiandos ante los New York Knicks.
A continuación se muestran la lista de los equipos clasificados en la conferencia Este: San Antonio Spurs al tener el mejor récord dispusieron de la ventaja de campo durante todos los playoffs, factor que ayudó a los Spurs a conseguir el título.
A continuación se muestran la lista de los equipos clasificados en la conferencia Oeste: