Fue fundado en 2007 y juega en la Effodeildin, la mayor categoría del fútbol feroés.
SÍ Sørvágur, también ubicado en Vágar, se unió al club en 1998.
Pronto, el club recién fundado ascendió a la liga superior nacional que, en ese momento en 1995, se llamaba 1. deild.
Poco después, la alianza entre los tres clubes fundadores comenzó a desmoronarse y el FS Vágar finalmente se disolvió en el otoño de 2004.
Ganaron la 1. deild y ascendieron a la primera división en 2011, jugaban en la primera división de las Islas Feroe, pero nuevamente permanecieron allí solo una temporada, terminaron en el noveno lugar con 24 puntos y descendieron a la 1. deild.