[1] En 1999 fue contratado por los Padres de San Diego como agente libre amateur en 1999.
En agosto de 2003, Pérez fue enviado a Pittsburgh junto con Jason Bay y Cory Stewart a cambio de Brian Giles.
Pérez también había perdido una velocidad significativa con su bola rápida.
[cita requerida] Pérez representó a México en el Clásico Mundial de Béisbol inaugural, donde México fue eliminado en la segunda fase de grupos.
[2][3] En 2006, Pérez abrió la temporada de los Piratas como titular número uno.
Lanzó seis entradas, permitiendo una carrera ganada, y estaba en el montículo para la famosa atrapada de Endy Chávez.
Sin embargo, Pérez terminó la temporada 2007 15-10 con una efectividad de 3.56, ponchando a 174 en 177 entradas lanzadas, mientras caminaba 79 (séptimo más en la Liga Nacional).
Lideró las mayores en bases por bolas, con 105, y fue décimo en la Liga Nacional en lanzamientos salvajes, con 9.
[9][10] Sus 17 "juegos sin decisión" fueron las mayores entre los lanzadores abridores de Grandes Ligas en 2008.
Pérez rechazó una asignación de ligas menores para trabajar en su pitcheo.
[16] Después del 21 de julio, Pérez hizo solo seis apariciones, todas en relevo.
[17] Pérez terminó la temporada 2010 0-5, con efectividad de 6.80 en 46.1 entradas lanzadas.
El 3 de noviembre, Pérez firmó un contrato por un año por $ 1.5 millones con hasta $ 600,000 en bonificaciones por desempeño.
En la siguiente entrada, el jardinero derecho de Washington Chris Heisey conectó un jonrón de apertura para terminar el juego, y a Pérez se le atribuyó la victoria.
[33] Esto se debe a que, según los cambios recientes en las reglas de la MLB, ya no era necesario lanzar cuatro bolas para otorgar una base por bolas intencional.
Luego Melvin tuvo a Chad Pinder (derecha) como emergente por Matt Joyce (izquierda), por lo que Francona respondió reemplazando a Pérez con el relevista derecho Zach McAllister, convirtiendo así a Pérez en el primer lanzador de Grandes Ligas en lanzar oficialmente en un juego sin lanzar ningún lanzamiento..
[1] Se convirtió en agente libre después de la temporada 2020.
[38] El 2 de mayo, Pérez aprobó las exenciones y eligió la agencia libre.