Oustalet estuvo en Montbéliard, en la sección de Doubs.

Era empleado en el Museo Nacional de Historia Natural de Franciadonde sucedió a Jules Verreaux como ayudante naturalista en 1873.

En 1900 sucedió a Alphonse Milne Edwards como profesor de Mamíferos.

Coautor de Les Oiseaux de la Chine (1877) con Armand David, también escribió Les Oiseaux du Cambodge (1899).

La abreviatura Oustalet se emplea para indicar a Émile Oustalet como autoridad en la descripción y taxonomía en zoología.