Su extensión del récord suramericano de 84.70 metros le clasificó para los Juegos Olímpicos de Sídney 2000, sin embargo, durante un escándalo que involucró el Comité Olímpico Paraguayo, Baumann no participó y fue remplazado por Nery Kennedy.
[11] Se llevó la medalla de plata terminando segundo detrás del cubano Emeterio González quien lanzó 79.28 metros.
[18] En una entrevista con diario paraguayo ABC en 2011, Nery Kennedy recordó que "a último momento" fue llamado para los Juegos Olímpicos.
[19] El presidente del Comité Olímpico Paraguayo, Ramón Zubizarreta, dijo que Édgar Baumann fue apartado del equipo que compitió en los Juegos Olímpicos por dopaje de cocaína y anfetaminas.
Añadió que no se desvaneció en la pista, se retiró por su propio medio y que llegó hasta el hospital por propia cuenta para pedir unas pruebas de toxicología.
[22][23] El incidente le tomó a Baumann un proceso de 9 años para denunciar correctamente al Comité Olímpico Paraguayo, figura del fútbol paraguayo José Luís Chilavert demostró su apoyo a Baumann en 2008 y 2009 para luchar contra la corrupción en el deporte paraguayo y condenó a las acciones del presidente de entonces del Comité Olímpico, Ramón Zubizarreta, declarando que él tendría que ser expulsado del Comité Olímpico por dañar atletas en vez de darles beneficios.
[6][7][8] El excapitán de la selección paraguaya también tuvo una demanda judicial con Zubizarreta.
[29] En noviembre de 2016, el periódico Crónica informó que le habían disparado a su casa.