Según la IUCN, en Estonia había, en 2021, 15 403 áreas protegidas, con una extensión de 9633 km², el 21,21 % del territorio, y 6825 km² de áreas marinas, el 18,78 % de la superficie marina que corresponde al país, unos 36 345 km².
Literalmente es un área donde habitan especies que no pueden sobrevivir en un bosque gestionado para la producción de madera.
La mayor parte del país está formado por lechos de roca caliza, turberas y bosques.
En torno a un 49 % de país está cubierto de bosques, el 7,6 % son turberas y el 3 % son prados o pastos.
La frontera oriental corre a lo largo del río Narva y el embalse de mismo nombre a lo largo de 77 kilómetros.