La Copa FIM Superstock 1000 de 2006 fue la octava edición de la Copa FIM Superstock 1000 , la segunda celebrada bajo este nombre. Se disputó en diez rondas, comenzando el 23 de abril en Valencia , España, y terminando el 8 de octubre en Magny-Cours , Francia.
El campeonato de pilotos lo ganó Alessandro Polita con una Suzuki GSX-R1000 K6 del equipo Celani Suzuki Italia. Sus principales rivales a lo largo de la temporada fueron Claudio Corti con una R1 del equipo Yamaha Team Italia y dos pilotos de MV Agusta , Luca Scassa y Ayrton Badovini . Estos cuatro pilotos italianos consiguieron todas las pole positions, excepto la de Valencia, y todas las victorias en carrera.
El campeonato de fabricantes lo ganó Suzuki , mientras que la temporada también vio la primera victoria de MV Agusta a nivel mundial desde el Gran Premio de Alemania de motociclismo de 1976 .