Subunidad 40S vista desde el lado de la interfaz de la subunidad, identificador PDB 2XZM- Subunidad 40S vista desde el lado expuesto al disolvente, identificador PDB 2XZM
La subunidad ribosómica pequeña eucariota ( 40S ) es la subunidad más pequeña de los ribosomas 80S eucariotas , siendo el otro componente principal la subunidad ribosómica grande (60S) . Los nombres "40S" y "60S" provienen de la convención de que las partículas ribosómicas se indican según sus coeficientes de sedimentación en unidades de Svedberg . Está relacionado estructural y funcionalmente con la subunidad 30S de los ribosomas procarióticos 70S . [1] [2] [3] [4] [5] Sin embargo, la subunidad 40S es mucho más grande que la subunidad 30S procariótica y contiene muchos segmentos de proteínas adicionales, así como segmentos de expansión de ARNr.
La subunidad 40S contiene el centro de decodificación que monitorea la complementariedad del ARNt y el ARNm en la traducción de proteínas. Es el componente más grande de varios complejos de iniciación de la traducción, incluidos los complejos de preiniciación (PIC) 43S y 48S, y está unido por varios factores de iniciación eucariotas , incluidos eIF1 , eIF1A y eIF3 . [6] La subunidad ribosomal 40S también está estrechamente unida por el IRES del VHC para formar un complejo binario mediado por interacciones proteína-ARNm y rARN-ARNm. [7] Se puede encontrar más información en los artículos sobre el ribosoma , el ribosoma eucariota (80S) y el artículo sobre traducción de proteínas .
La forma de la subunidad pequeña se puede subdividir en dos grandes segmentos, la cabeza y el cuerpo. Los rasgos característicos del cuerpo incluyen los pies izquierdo y derecho, el hombro y la plataforma. La cabeza presenta una protuberancia puntiaguda que recuerda al pico de un pájaro. El ARNm se une en la hendidura entre la cabeza y el cuerpo, y hay tres sitios de unión para el ARNt , el sitio A, el sitio P y el sitio E (consulte el artículo sobre traducción de proteínas para obtener más detalles). El núcleo de la subunidad 40S está formado por el ARN ribosómico 18S (abreviado 18S rRNA), que es homólogo al ARNr 16S procariótico . Este núcleo de ARNr está decorado con decenas de proteínas. En la figura "Estructura cristalina de la subunidad ribosómica 40S eucariótica de T. thermophila ", el núcleo del ARN ribosómico se representa como un tubo gris y los segmentos de expansión se muestran en rojo. Las proteínas que tienen homólogos en eucariotas, arqueas y bacterias se muestran como cintas azules. Las proteínas compartidas sólo entre eucariotas y arqueas se muestran como cintas naranjas y las proteínas específicas de eucariotas se muestran como cintas rojas.
La tabla "Proteínas ribosómicas 40S" muestra los pliegues proteicos individuales de la subunidad 40S coloreados por conservación. Las proteínas que tienen homólogos en eucariotas, arqueas y bacterias (EAB) se muestran como cintas azules. Las proteínas compartidas sólo entre eucariotas y arqueas (EA) se muestran como cintas naranjas y las proteínas específicas de eucariotas (E) se muestran como cintas rojas. Las extensiones específicas de eucariotas de proteínas conservadas, que van desde unos pocos residuos o bucles hasta hélices alfa muy largas y dominios adicionales, están resaltadas en rojo. [2] Para obtener más detalles, consulte el artículo sobre el ribosoma eucariota . Históricamente se han utilizado diferentes nomenclaturas para las proteínas ribosómicas. Por ejemplo, las proteínas se han numerado según sus propiedades de migración en experimentos de electroforesis en gel. Por lo tanto, diferentes nombres pueden referirse a proteínas homólogas de diferentes organismos, mientras que nombres idénticos no necesariamente denotan proteínas homólogas. La tabla "Proteínas ribosómicas 40S" hace referencias cruzadas de los nombres de las proteínas ribosómicas humanas con homólogos de levaduras, bacterias y arqueas. [8] Se puede encontrar más información en la base de datos de genes de proteínas ribosómicas (RPG). [8]