- Subunidad 40S vista desde el lado expuesto al solvente, identificador PDB 2XZM
La subunidad ribosomal pequeña eucariota ( 40S ) es la subunidad más pequeña de los ribosomas eucariotas 80S , siendo el otro componente principal la subunidad ribosomal grande (60S) . Los nombres "40S" y "60S" se originan de la convención de que las partículas ribosomales se denotan de acuerdo con sus coeficientes de sedimentación en unidades de Svedberg . Está relacionada estructural y funcionalmente con la subunidad 30S de los ribosomas procariotas 70S . [1] [2] [3] [4] [5] Sin embargo, la subunidad 40S es mucho más grande que la subunidad 30S procariota y contiene muchos segmentos proteicos adicionales, así como segmentos de expansión de ARNr.
La subunidad 40S contiene el centro de decodificación que monitorea la complementariedad del ARNt y el ARNm en la traducción de proteínas. Es el componente más grande de varios complejos de iniciación de la traducción, incluidos los complejos de preiniciación (PIC) 43S y 48S, y está unida por varios factores de iniciación eucariotas , incluidos eIF1 , eIF1A y eIF3 . [6] La subunidad ribosómica 40S también está fuertemente unida por el IRES del VHC para formar un complejo binario mediado por interacciones proteína-ARNm y ARNr-ARNm. [7] Se puede encontrar más información en los artículos sobre el ribosoma , el ribosoma eucariota (80S) y el artículo sobre la traducción de proteínas .
La forma de la subunidad pequeña se puede subdividir en dos grandes segmentos, la cabeza y el cuerpo. Los rasgos característicos del cuerpo incluyen los pies izquierdo y derecho, el hombro y la plataforma. La cabeza presenta una protuberancia puntiaguda que recuerda al pico de un pájaro. El ARNm se une en la hendidura entre la cabeza y el cuerpo, y hay tres sitios de unión para el ARNt , el sitio A, el sitio P y el sitio E (ver artículo sobre traducción de proteínas para más detalles). El núcleo de la subunidad 40S está formado por el ARN ribosómico 18S (abreviado 18S rRNA), que es homólogo del ARNr 16S procariota . Este núcleo de ARNr está decorado con docenas de proteínas. En la figura "Estructura cristalina de la subunidad ribosómica 40S eucariota de T. thermophila ", el núcleo de ARN ribosómico está representado como un tubo gris y los segmentos de expansión se muestran en rojo. Las proteínas que tienen homólogos en eucariotas, arqueas y bacterias se muestran como cintas azules. Las proteínas compartidas solo entre eucariotas y arqueas se muestran como cintas naranjas y las proteínas específicas de eucariotas se muestran como cintas rojas.
La tabla "Proteínas ribosomales 40S" muestra los pliegues proteicos individuales de la subunidad 40S coloreados por conservación. Las proteínas que tienen homólogos en eucariotas, arqueas y bacterias (EAB) se muestran como cintas azules. Las proteínas compartidas solo entre eucariotas y arqueas (EA) se muestran como cintas naranjas y las proteínas específicas de eucariotas (E) se muestran como cintas rojas. Las extensiones específicas de eucariotas de proteínas conservadas, que van desde unos pocos residuos o bucles hasta hélices alfa muy largas y dominios adicionales, se resaltan en rojo. [2] Para obtener más detalles, consulte el artículo sobre el ribosoma eucariota . Históricamente, se han utilizado diferentes nomenclaturas para las proteínas ribosomales. Por ejemplo, las proteínas se han numerado de acuerdo con sus propiedades de migración en experimentos de electroforesis en gel. Por lo tanto, diferentes nombres pueden referirse a proteínas homólogas de diferentes organismos, mientras que nombres idénticos no necesariamente denotan proteínas homólogas. La tabla "Proteínas ribosomales 40S" contiene referencias cruzadas de los nombres de las proteínas ribosomales humanas con homólogos de levaduras, bacterias y arqueas. [8] Se puede encontrar más información en la base de datos de genes de proteínas ribosomales (RPG). [8]