Las finales de la Copa Intertoto de la UEFA de 1999 las ganaron Montpellier , Juventus y West Ham United . Los tres equipos avanzaron a la Copa de la UEFA .
Ventspils ganó 2-1 en el global.
Sint-Truiden ganó 8-1 en el global.
El Polonia Varsovia ganó 4-0 en el global.
4-4 en el global. Pobeda ganó 4-3 en los penaltis.
Con un resultado global de 2-2, el Rudar Velenje ganó gracias a los goles marcados fuera de casa.
MŠK Žilina ganó 4-0 en el global.
Ararat Yerevan ganó 2-0 en el global.
Varteks ganó 4-3 en el global.
El Vasas ganó 7-1 en el global.
El Neuchâtel Xamax ganó 2-0 en el global.
Ceahlăul Piatra Neamţ ganó 2-0 en el global.
Con un resultado global de 1-1, Gomel ganó 3-1 en los penaltis.
Newry Town ganó 2-1 en el global.
Con un resultado global de 2-2, el Qarabağ ganó gracias al valor de los goles marcados fuera de casa.
Cementarnica 55 ganó 8-2 en el global.
El Basilea ganó 6-0 en el global.
Jedinstvo Bihać ganó por 3-1 en el global.
Floriana ganó 4-3 en el global.
ÍA ganó 6-3 en el global.
Jokerit ganó 7-1 en total.
Perugia ganó 1-0 en el global.
Duisburg ganó 2-1 en el global.
El Basilea ganó 4-2 en el global.
Rostselmash ganó 3-2 en el global.
3-3 en el global; Varteks ganó 5-4 en los penaltis
Austria Lustenau ganó 4-2 en el global.
El Lokeren ganó 6-2 en el global.
Metz ganó 4-2 en el global.
El Polonia Varsovia ganó 4-1 en el global.
Hammarby ganó 6-2 en el global.
Kocaelispor ganó 3-1 en el global.
Kocaelispor ganó 9-0 en el global.
Sint-Truiden ganó 5-1 en el global.
El Vasas ganó 3-0 en el global.
Jokerit ganó 3-0 en total.
Ceahlăul Piatra Neamţ ganó 5-2 en el global.
Montpellier ganó 4-1 en el global.
Con un resultado global de 1-1, la Juventus ganó gracias a los goles de visitante.
El partido se suspendió en el minuto 114 de la prórroga debido a que se lanzaron objetos al terreno de juego, algunos de los cuales incluso alcanzaron al árbitro. La UEFA sancionó al Perugia y le dio la victoria al Trabzonspor por 3-0.
El Trabzonspor ganó 4-2 en el global.
El West Ham United ganó 2-1 en el global.
Heerenveen ganó 4-0 en el global.
Con un resultado global de 2-2, el Rennes ganó gracias a los goles de visitante.
Con un global de 3-3, el Hamburgo ganó gracias al valor doble de los goles marcados fuera de casa.
El Austria de Viena ganó 3-2 en el global.
Con un resultado global de 2-2, el Rostselmash ganó gracias al valor de los goles marcados fuera de casa.
Duisburg ganó 3-0 en el global.
Con un resultado global de 2-2, el Metz ganó gracias a los goles de visitante.
El Polonia Varsovia ganó 4-1 en el global.
Montpellier ganó 3-1 en el global.
El Hamburger SV ganó 6-3 en el global.
La Juventus ganó 9-1 en el global.
El Rennes ganó 4-2 en el global.
El West Ham United ganó 2-0 en el global.
Metz ganó 6-2 en el global.
2-2 en el global; Montpellier ganó 3-0 en los penaltis
El West Ham United ganó 3-2 en el global.
La Juventus ganó 4-2 en el global.