El método de secuencia polimórfica amplificada escindida ( CAPS ) es una técnica de biología molecular para el análisis de marcadores genéticos . Es una extensión del método del polimorfismo de longitud de los fragmentos de restricción (RFLP), que utiliza la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) para analizar más rápidamente los resultados.
Al igual que RFLP, CAPS funciona según el principio de que las diferencias genéticas entre individuos pueden crear o eliminar sitios de restricción de endonucleasas de restricción , y que estas diferencias pueden detectarse en la longitud del fragmento de ADN resultante después de la digestión.
En el método CAPS, la amplificación por PCR se dirige a través del sitio de restricción alterado y los productos se digieren con la enzima de restricción. Cuando se fraccionan mediante electroforesis en gel de agarosa o poliacrilamida , los productos de PCR digeridos darán patrones de bandas fácilmente distinguibles. Alternativamente, el segmento amplificado se puede analizar mediante sondas de oligonucleótidos específicos de alelo (ASO), un proceso que a menudo se puede realizar mediante una simple transferencia puntual .