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Gen regulador

Vía reguladora de genes

En genética , un gen regulador , regulador o gen regulador es un gen involucrado en el control de la expresión de uno o más genes. Las secuencias reguladoras , que codifican genes reguladores, a menudo se encuentran en el extremo cinco primos (5') del sitio de inicio de la transcripción del gen que regulan. Además, estas secuencias también se pueden encontrar en el extremo tres primos (3') del sitio de inicio de la transcripción. En ambos casos, ya sea que la secuencia reguladora se presente antes (5') o después (3') del gen que regula, la secuencia a menudo se encuentra a muchas kilobases de distancia del sitio de inicio de la transcripción . Un gen regulador puede codificar una proteína , o puede funcionar a nivel de ARN , como en el caso de los genes que codifican microARN . Un ejemplo de un gen regulador es un gen que codifica una proteína represora que inhibe la actividad de un operador (un gen que se une a las proteínas represoras inhibiendo así la traducción de ARN a proteína a través de la ARN polimerasa ). [1]

En los procariotas , los genes reguladores suelen codificar proteínas represoras . Las proteínas represoras se unen a operadores o promotores , impidiendo que la ARN polimerasa transcriba el ARN. Por lo general, se expresan constantemente para que la célula siempre tenga un suministro de moléculas represoras a mano. [2] Los inductores hacen que las proteínas represoras cambien de forma o se vuelvan incapaces de unirse al ADN, lo que permite que la ARN polimerasa continúe la transcripción. Los genes reguladores pueden estar ubicados dentro de un operón , adyacentes a él o lejos de él. [3]

Otros genes reguladores codifican proteínas activadoras . Un activador se une a un sitio de la molécula de ADN y provoca un aumento en la transcripción de un gen cercano. En los procariotas, una proteína activadora bien conocida es la proteína activadora de catabolitos (CAP), involucrada en el control positivo del operón lac .

En la regulación de la expresión genética , estudiada en la biología evolutiva del desarrollo (evo-devo), tanto los activadores como los represores juegan papeles importantes. [4]

Los genes reguladores también pueden describirse como reguladores positivos o negativos, según las condiciones ambientales que rodean a la célula. Los reguladores positivos son elementos reguladores que permiten la unión de la ARN polimerasa a la región promotora, permitiendo así que se produzca la transcripción. En términos del operón lac, el regulador positivo sería el complejo CRP-cAMP que debe estar unido cerca del sitio de inicio de la transcripción de los genes lac. La unión de este regulador positivo permite que la ARN polimerasa se una con éxito al promotor de la secuencia del gen lac, lo que avanza la transcripción de los genes lac ; lac Z, lac Y y lac A. Los reguladores negativos son elementos reguladores que obstruyen la unión de la ARN polimerasa a la región promotora, reprimiendo así la transcripción. En términos del operón lac, el regulador negativo sería el represor lac que se une al promotor en el mismo sitio al que normalmente se une la ARN polimerasa. La unión del represor lac al sitio de unión de la ARN polimerasa inhibe la transcripción de los genes lac. Sólo cuando un inductor se une al represor lac el sitio de unión quedará libre para que la ARN polimerasa lleve a cabo la transcripción de los genes lac. [5] [6] [7]

Elementos reguladores de genes

Los promotores residen al principio del gen y sirven como el sitio donde se ensambla la maquinaria de transcripción y comienza la transcripción del gen. Los potenciadores activan los promotores en lugares, momentos y niveles específicos y pueden definirse simplemente como los "promotores del promotor". Se cree que los silenciadores desactivan la expresión génica en puntos y lugares de tiempo específicos. Los aisladores, también llamados elementos límite, son secuencias de ADN que crean límites cis-reguladores que evitan que los elementos reguladores de un gen afecten a los genes vecinos. El dogma general es que estos elementos reguladores se activan mediante la unión de factores de transcripción , proteínas que se unen a secuencias de ADN específicas y controlan la transcripción del ARNm . Podría haber varios factores de transcripción que necesiten unirse a un elemento regulador para activarlo. Además, varias otras proteínas, llamadas cofactores de transcripción, se unen a los propios factores de transcripción para controlar la transcripción. [8] [9]

Reguladores negativos

Los reguladores negativos actúan para prevenir la transcripción o la traducción. Ejemplos como cFLIP suprimen los mecanismos de muerte celular que conducen a trastornos patológicos como el cáncer y, por lo tanto, desempeñan un papel crucial en la resistencia a los fármacos . La evasión de estos actores es un desafío en la terapia del cáncer . [10] Los reguladores negativos de la muerte celular en el cáncer incluyen cFLIP , familia Bcl 2 , Survivin , HSP , IAP , NF-κB , Akt , mTOR y FADD . [10]

Detección

Existen varias técnicas diferentes para detectar genes reguladores, pero de ellas, hay algunas que se utilizan con más frecuencia que otras. Una de estas pocas técnicas seleccionadas se denomina ChIP-chip. ChIP-chip es una técnica in vivo que se utiliza para determinar los sitios de unión genómicos para los factores de transcripción en reguladores de respuesta de sistemas de dos componentes. El ensayo basado en microarrays in vitro (DAP-chip) se puede utilizar para determinar los objetivos genéticos y las funciones de los sistemas de transducción de señales de dos componentes . Este ensayo aprovecha el hecho de que los reguladores de respuesta se pueden fosforilar y, por lo tanto, activar in vitro utilizando donantes de moléculas pequeñas como el fosfato de acetilo . [11] [12]

Huella filogenética

La huella filogenética es una técnica que utiliza múltiples alineaciones de secuencias para determinar las ubicaciones de secuencias conservadas , como elementos reguladores. Junto con las múltiples alineaciones de secuencias, la huella filogenética también requiere índices estadísticos de secuencias conservadas y no conservadas. Utilizando la información proporcionada por las múltiples alineaciones de secuencias y los índices estadísticos, se pueden identificar los motivos mejor conservados en las regiones ortólogas de interés. [13] [14]

Referencias

  1. ^ "Gen regulador - Diccionario Biology-Online" www.biology-online.org . Consultado el 6 de febrero de 2016 .
  2. ^ Biología de Campbell: conceptos y conexiones, séptima edición . Pearson Education. 2009. págs. 210–211.
  3. ^ Mayer, Gene. "BACTERIOLOGÍA - CAPÍTULO NUEVE MECANISMOS DE REGULACIÓN GENÉTICA". Microbiología e inmunología en línea . Facultad de Medicina de la Universidad de Carolina del Sur . Consultado el 30 de diciembre de 2012 .
  4. ^ Suzuki, David (2005). Introducción al análisis genético . San Francisco: WH Freeman. ISBN 978-0-7167-4939-4.
  5. ^ Casadaban, Malcolm J. (5 de julio de 1976). "Regulación del gen regulador de la vía de la arabinosa, araC". Journal of Molecular Biology . 104 (3): 557–566. doi :10.1016/0022-2836(76)90120-0. PMID  781294.
  6. ^ Wong, Oi Kwan; Guthold, Martin; Erie, Dorothy A; Gelles, Jeff (2008). "Experimentos de moléculas individuales revelan bucles de ADN-represores Lac interconvertibles". PLOS Biology . 6 (9): e232. doi : 10.1371/journal.pbio.0060232 . PMC 2553838 . PMID  18828671. 
  7. ^ Jiang, Xiaofeng; Pan, Hui; Nabhan, Joseph F.; Krishnan, Ramaswamy; Koziol-White, Cynthia; Panettieri, Reynold A.; Lu, Quan (1 de mayo de 2012). "Una nueva prueba de ARNi derivada de EST revela un papel crítico para la farnesil difosfato sintasa en la internalización y regulación negativa del receptor β2-adrenérgico". The FASEB Journal . 26 (5): 1995–2007. doi : 10.1096/fj.11-193870 . ISSN  0892-6638. PMC 3336790 . PMID  22278941. 
  8. ^ Khan, Arshad H.; Lin, Andy; Smith, Desmond J. (24 de septiembre de 2012). "Descubrimiento y caracterización de elementos reguladores de la transcripción exónica humana". PLOS ONE . ​​7 (9): e46098. Bibcode :2012PLoSO...746098K. doi : 10.1371/journal.pone.0046098 . ISSN  1932-6203. PMC 3454335 . PMID  23029400. 
  9. ^ Ahituv, Nadav (2012). Ahituv, Nadav (ed.). Elementos reguladores genéticos . doi :10.1007/978-1-4614-1683-8. ISBN 978-1-4614-1682-1.S2CID 40483427  . {{cite book}}: |journal=ignorado ( ayuda )
  10. ^ ab Razaghi, Ali; Heimann, Kirsten; Schaeffer, Patrick M.; Gibson, Spencer B. (10 de enero de 2018). "Reguladores negativos de las vías de muerte celular en el cáncer: perspectiva sobre biomarcadores y terapias dirigidas". Apoptosis . 23 (2): 93–112. doi :10.1007/s10495-018-1440-4. ISSN  1360-8185. PMID  29322476. S2CID  3424489.
  11. ^ Kogelman, Lisette JA; Cirera, Susanna; Zhernakova, Daria V; Fredholm, Merete; Franke, Lude; Kadarmideen, Haja N (30 de septiembre de 2014). "Identificación de redes de genes de coexpresión, genes reguladores y vías para la obesidad basadas en la secuenciación de ARN del tejido adiposo en un modelo porcino". BMC Medical Genomics . 7 : 57. doi : 10.1186/1755-8794-7-57 . ISSN  1755-8794. PMC 4183073 . PMID  25270054. 
  12. ^ Rajeev, Lara; Luning, Eric G.; Mukhopadhyay, Aindrila (2014). "Método de chip purificado por afinidad de ADN (DAP-chip) para determinar los objetivos genéticos de los sistemas reguladores bacterianos de dos componentes | Protocolo". Journal of Visualized Experiments (89): e51715. doi :10.3791/51715. PMC 4233932. PMID 25079303.  Consultado el 8 de abril de 2016 . 
  13. ^ Satija, Rahul; Novák, Ádám; Miklós, István; Lyngsø, Runa; Hein, Jotun (28 de agosto de 2009). "BigFoot: alineación bayesiana y huella filogenética con MCMC". Biología Evolutiva del BMC . 9 (1): 217. Código bibliográfico : 2009BMCEE...9..217S. doi : 10.1186/1471-2148-9-217 . ISSN  1471-2148. PMC 2744684 . PMID  19715598. 
  14. ^ Blanchette, Mathieu; Tompa, Martin (1 de mayo de 2002). "Descubrimiento de elementos reguladores mediante un método computacional para la huella filogenética". Genome Research . 12 (5): 739–748. doi :10.1101/gr.6902. ISSN  1088-9051. PMC 186562 . PMID  11997340. 

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