La región está delimitada por los Andes Orientales en el borde occidental y se extiende hasta las fronteras con Venezuela y Brasil en el este. El límite norte comienza con los ríos Guaviare y Vichada y se extiende hacia el sur hasta los ríos Putumayo y Amazonas.
La región amazónica se divide en subregiones distintas:
Estribaciones amazónicas: bordeando los Andes orientales
Bosques húmedos del Caquetá : la mayor parte de la región amazónica colombiana centrada en los ríos Caquetá, Vaupés, Yarí y Apaporis
Bosques húmedos del Napo : el extremo suroeste de la región amazónica colombiana, que limita con los Andes e incluye las cabeceras de los ríos Caquetá y Putumayo.
Campinarana : esta ecorregión de bosques de arena blanca y pantanos apenas se extiende hacia Colombia alrededor del río Negro en el departamento del Vaupés.
