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Charla de Wikipedia: WikiProject Biología molecular

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PACSIN1

En 2019, un editor realizó algunos cambios bastante importantes en PACSIN1 . Eliminé algunos elementos de vandalismo evidentes y una referencia parcial, pero este artículo necesita la atención de un experto en la materia. 76.14.122.5 ( discusión ) 19:55, 3 de agosto de 2024 (UTC) [ responder ]

Gracias por mencionar esto, me he tomado un momento para aclararlo. ― Syn path 17:05, 4 de agosto de 2024 (UTC) [ responder ]

Infobox genomaEstá vinculado a listas de genomas incorrectas en NCBI

Hola a todos,

Según la página de discusión sobre genoma de Infobox , parece que un cambio reciente del NCBI ha roto los enlaces producidos por la plantilla de genoma de Infobox. Mi comentario en la página de discusión entra en más detalles, pero en resumen: el NCBI está eliminando el recurso Genoma, reemplazándolo con el recurso Conjuntos de datos; la plantilla de genoma de Infobox enlaza al antiguo recurso Genoma cuando se le da un taxIdargumento; la plantilla ahora enlaza a listas de genomas incorrectas en algunas páginas (por ejemplo: el cuadro sobre Chimpancé ahora enlaza incorrectamente a una lista de genomas para Impatiophila pipa). No todas las páginas se ven afectadas (por ejemplo, el NCBI redirige automáticamente el enlace sobre Bonobo a la lista de genomas correcta), pero muchas sí. Imagino que existe el riesgo de que todos los enlaces dejen de funcionar si/cuando el NCBI desaprobó por completo el recurso Genoma.

Tenga en cuenta que el taxIdcampo de la plantilla espera en realidad un identificador de genoma (y esto es lo que los artículos han estado utilizando para este campo). Este es el quid de la cuestión, ya que estos identificadores de genoma parecen no utilizarse más. Cuando los enlaces de los cuadros de información siguen funcionando, es porque el NCBI redirecciona silenciosamente el enlace a uno que utiliza el identificador de taxonomía del organismo .

Puedo pensar en tres formas de solucionar el problema; todas requerirían actualizar cada artículo usando el Infobox con nuevas identificaciones, por lo que quería hablar sobre cuál solución es mejor antes de lanzarme y hacer todos esos cambios.

  1. Cambie el cuadro de información para que incluya un vínculo solo al genoma de referencia; reemplace los identificadores de genoma en todos los artículos con los identificadores de genoma de referencia. En este momento, en las páginas donde todavía funciona correctamente, el cuadro de información incluye un vínculo a una lista de todos los genomas que NCBI tiene disponibles. Por ejemplo: para Bonobo, la página de genoma de NCBI incluye 8 genomas, con el genoma de referencia en la parte superior. En cambio, podríamos actualizar taxIden la página de cada organismo reemplazando el identificador de genoma con el identificador de genoma de referencia (para Bonobo, cambiando a taxId=NHGRI_mPanPan1-v2.0_pri) y cambiar la URL que usa la plantilla a https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/{{{taxId}}}(lo que daría como resultado este vínculo para Bonobo).
  2. Mantenemos el comportamiento del cuadro de información de vincular a listas de genomas; reemplazamos los identificadores de genoma en todos los artículos con identificadores de taxonomía. Si pensamos que es valioso vincular a los usuarios a una lista de todos los genomas disponibles en lugar de solo a la referencia, podríamos reemplazar los identificadores de genoma en todas las páginas con los identificadores de taxonomía (para Bonobo, eliminaríamos taxId=10729y reemplazaríamos con taxId=9597). Cambiaríamos la URL que usa la plantilla a https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/?taxon={{{taxId}}}(resultando en este enlace para Bonobo).
  3. Enlace a la página de taxonomía del NCBI en lugar de un enlace directo a los datos del genoma; reemplazar los identificadores de genoma en todos los artículos por identificadores de taxonomía. En su lugar, podríamos vincular a las páginas de taxonomía del NCBI, que ofrecen un breve resumen del organismo. Esto incluye un enlace a la lista de genomas y un enlace directo al genoma de referencia. Técnicamente, esto ya no es un enlace a un conjunto de datos del genoma, pero creo que es el comportamiento más cercano a cómo funcionaban nuestros enlaces antes del cambio del NCBI, y aún proporciona un acceso fácil a los datos del genoma (incluido un botón de descarga que vincula directamente al genoma de referencia). Cambiaríamos el identificador del genoma en todas las páginas por el identificador de taxonomía (como la opción n.° 2) y cambiaríamos la URL en la plantilla a https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/taxonomy/{{{taxId}}}(lo que daría como resultado este enlace para Bonobo).

¿Alguna idea sobre qué opción es mejor o sobre otras opciones en las que no he pensado? Cabe destacar que hay aproximadamente 62 artículos que usan este cuadro de información y que deberían actualizarse a las nuevas identificaciones sin importar qué opción se elija; no es una cantidad insuperable, pero tampoco tan pequeña como para que cambiarlos todos sea rápido y trivial. — nmael talk 14:38, 8 de agosto de 2024 (UTC) [ responder ]

Un cuadro de información típico sobre el genoma contiene un enlace al NCBI y al menos tres datos: ploidía, tamaño del genoma y número de cromosomas. Creo que la ploidía y el número de cromosomas son datos que deberían estar en el cuerpo principal del artículo. El tamaño del genoma no es un número fijo, cambia de un año a otro a medida que se secuencia y anota más partes del genoma. Yo diría que poner este número en un cuadro de información le da demasiada credibilidad.
También diría que el mejor enlace a genomas secuenciados es el sitio de Ensembl y no el de NCBI. Por ejemplo, aquí está el enlace de Ensembl al genoma del chimpancé. Observe que indica que el tamaño del genoma es de 3231 Mb y no de 3323 Mb como en el cuadro de información del genoma. También dice que hay 23 534 genes codificadores de proteínas y 9710 genes no codificadores y estos datos entran en conflicto con lo que está escrito en el artículo sobre el chimpancé.
Sugiero una cuarta solución: eliminar todos los cuadros de información del genoma. Otra opción sería reemplazar todos los enlaces de NCBI con enlaces de Ensembl y luego revisar y actualizar los tamaños de genoma de todos los cuadros de información cada pocos meses. Genome42 ( discusión ) 16:38 8 ago 2024 (UTC) [ responder ]
Si bien creo que la opción 3 proporciona un envoltorio más informativo en torno a los vínculos a genomas por taxón, la opción 1 en realidad vincularía a un genoma como se esperaría para el campo NCBI genome ID . La etiqueta del campo probablemente debería actualizarse a NCBI reference genome ID o algo similar. Tampoco veo ninguna razón para no excluir el vínculo a Ensembl o cualquier otra base de datos siempre que las estadísticas en el cuadro sean del genoma vinculado.
Creo que usar un cuadro de información para extraer (o duplicar) medidas comunes de material genético del cuerpo del texto es generalmente útil y es especialmente útil para alojar enlaces externos a bases de datos. Estoy a favor de mantener el cuadro de información.
Cosas como los recuentos de bases serían precisas/estables siempre que el genoma esté secuenciado con una cobertura completa y un alto nivel de confianza. Estoy más familiarizado con los genomas bacterianos, donde ese tipo de cosas son más comunes, por lo que no estoy seguro de cuán realistas tienden a ser para los genomas de referencia eucariotas. Seguramente, reducir esos números a dos cifras significativas haría que las estimaciones fueran lo suficientemente cercanas para fines generales y bastante estables a lo largo del tiempo. Lo mismo ocurre con los genes codificantes y no codificantes. ― Syn path 02:01, 13 de agosto de 2024 (UTC) [ responder ]

Estandarización de las secciones de los artículos sobre proteínas

He observado que los artículos de ejemplo sobre proteínas a los que se hace referencia en la guía de estilo de artículos sobre proteínas no siguen el diseño de secciones recomendado. ¿Debería haber una tarea para estandarizar estos artículos?

Estoy trabajando en el artículo sobre el factor de necrosis tumoral y me preguntaba si debería estructurarse de manera coherente con los demás artículos sobre proteínas.

Artículos de ejemplo: https://en.wikipedia.org/wiki/Wikipedia_talk:MCB/Protein_C https://en.wikipedia.org/wiki/Wikipedia_talk:MCB/Gonadotropin-releasing_hormone AdeptLearner123 ( discusión ) 06:49 18 ago 2024 (UTC) [ responder ]

Guía de estilo: https://en.wikipedia.org/wiki/Wikipedia_talk:MCB/Wikipedia:WikiProject_Molecular_Biology/Style_guide_(gene_and_protein_articles)#Sections — Comentario anterior sin firmar añadido por AdeptLearner123 ( discusióncontribs ) 06:52 18 ago 2024 (UTC) [ responder ]

Grupo de trabajo sobre biología estructural

La biología estructural carece de cualquier tipo de wikiproyecto, al menos por lo que he podido encontrar. Los artículos centrales que rodean a la biología estructural están dispersos y se necesita mucho trabajo coordinado para solucionarlos. ¿Alguna opinión al respecto? Niashervin ( discusión ) 03:36 2 sep 2024 (UTC) [ responder ]

Vía de las pentosas fosfato, categorías de quimiocinas y miocinas

Por favor, deja tus comentarios en Wikipedia:Categorías_para_discusión/Registro/4_de_septiembre_de_2024#Categoría:Vía_de_las_pentosas_fosfato . Marcocapelle ( discusión ) 05:18 4 septiembre 2024 (UTC) [ responder ]

Ahora en Wikipedia:Categorías para discusión/Registro/12 de septiembre de 2024#Categoría:Vía de las pentosas fosfato . Apreciaríamos mucho sus comentarios; no creo que ningún lector habitual de CFD sea experto en biología molecular. Saludos, House Blaster  ( discusión  • él/ellos) 15:56, 12 de septiembre de 2024 (UTC) [ responder ]

Nuevo artículo que podría ser relevante para este proyecto

Recientemente he publicado un nuevo artículo, rizoplasto , una estructura celular que se encuentra principalmente en protistos y algunos hongos. No soy miembro de este WikiProject, por lo que pensé que lo notificaría aquí para que se pueda realizar la evaluación de importancia adecuada. — Snoteleks ( discusión ) 16:35 20 sep 2024 (UTC) [ responder ]