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Plantilla de discusión:Infobox genoma

taxId ya no funciona

Si hace clic en el enlace "NCBI genome ID", se le redireccionará a https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/ y el sitio web antiguo indicará "A partir de junio de 2024, el recurso de ensamblaje de NCBI ya no estará disponible. Los datos de ensamblaje de NCBI ahora se pueden encontrar en las páginas de genoma de NCBI Datasets". Akeosnhaoe ( discusión ) 05:49 28 may 2024 (UTC) [ responder ]

Hola. Encontré esto en la pregunta de WikiUser70176 en Teahouse sobre un vínculo genómico roto para Tomato . Parece que el uso del ID de taxonomía para hacer referencia a páginas genómicas ahora está dañado de forma selectiva.
El error en el código de plantilla surge del uso de esta URL para señalar genomas: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term={{{taxId}}}. Según esta actualización del NCBI, los servicios Genome & Assembly están siendo reemplazados por el servicio Datasets.
He aquí un ejemplo de cómo nos afecta esto:
  • El ID de taxonomía del NCBI para Solanum lycopersicum (Tomate) es 4081.
  • Cuando se utiliza la plantilla de genoma Infobox, taxId=4081produce esta URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=4081. NCBI redirecciona la solicitud a https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/?taxon=905054(no sé de dónde 905054proviene).
  • 905054es el identificador de taxonomía del virus Pusa del enrollamiento de la hoja del tabaco; por lo tanto, se muestran los genomas que coinciden con este virus en lugar de los genomas del tomate.
No todas las páginas se ven afectadas de la misma manera. Como señaló WikiUser70176 , Cucumber todavía funciona correctamente. El cuadro de información genome con taxId=1639produce https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=1639; NCBI redirige esto a https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/?taxon=3659. 3679es el ID de taxonomía correcto para Cucumber (Cucumis sativus), por lo que parece que NCBI a veces puede asignar correctamente un ID de genoma antiguo a un ID de taxonomía nuevo. Chimpanzee , Clostridium botulinum y Picea sitchensis son todos ejemplos de entidades con ID de taxonomía que el NCBI no redirige correctamente cuando se usan como ID de genoma. No he visto todas las páginas que usan este cuadro de información, pero estoy seguro de que hay muchos más ejemplos.
Lamentablemente, no creo que haya una manera de solucionar esto sin modificar esta plantilla y actualizarla taxIdpara cada página. Esta plantilla debería usarse como URL para la búsqueda del genoma, y ​​cada página debería actualizarse para usar el ID de taxonomía de la entidad como para el cuadro de información. — nmael talk 13:01, 8 de agosto de 2024 (UTC) [ responder ]https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/?taxon=<taxId>taxId