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Yodoacetamida

La yodoacetamida ( IAA ) es un compuesto orgánico con la fórmula química I C H 2 C O N H 2 . Es un agente alquilante utilizado para fines de mapeo de péptidos . Sus acciones son similares a las del yodoacetato . Se utiliza comúnmente para unirse covalentemente con el grupo tiol de la cisteína para que la proteína no pueda formar enlaces disulfuro . [2] [3] También se utiliza en estudios de ubiquitina como inhibidor de las enzimas deubiquitinasas (DUB) porque alquila los residuos de cisteína en el sitio activo de DUB.

Inhibidor de la peptidasa

La yodoacetamida es un inhibidor irreversible de todas las peptidasas de cisteína, y el mecanismo de inhibición se produce a partir de la alquilación del residuo de cisteína catalítica (véase el esquema). En comparación con su derivado ácido, el yodoacetato, la yodoacetamida reacciona sustancialmente más rápido. Esta observación parece contradecir la reactividad química estándar, sin embargo, la presencia de una interacción favorable entre el ion imidazolio positivo de la histidina catalítica y el grupo carboxilo cargado negativamente del yodoacetato es la razón de la mayor actividad relativa de la yodoacetamida. [4]

Mecanismo de inhibición irreversible de las cisteína peptidasas con yodoacetamida.

Espectrometría de masas de proteínas

Se utiliza comúnmente durante la preparación de muestras para la secuenciación de novo (péptidos) con espectrometría de masas de proteínas , pero los críticos recientes sugieren evitar su uso [5].

Referencias

  1. ^ Krüger, Ralf; Hung, Chien-Wen; Edelson-Averbukh, Marina; Lehmann, Wolf D. (2005). "La metionina alquilada con yodoacetamida puede imitar la pérdida neutra de ácido fosfórico de los fosfopéptidos, como se ejemplifica mediante el escaneo de iones parentales de tiempo de vuelo cuadrupolo con ionización por nanoelectrospray". Comunicaciones rápidas en espectrometría de masas . 19 (12). Wiley: 1709–1716. Bibcode :2005RCMS...19.1709K. doi :10.1002/rcm.1976. ISSN  0951-4198. PMID  15912474.
  2. ^ Smythe CV (1936). "Las reacciones del yodoacetato y de la yodoacetamida con varios grupos sulfhidrilo, con ureasa y con preparaciones de levadura". J. Biol. Chem . 114 (3): 601–12. doi : 10.1016/S0021-9258(18)74789-3 .
  3. ^ Anson ML (1940). "Las reacciones del yodo y la yodoacetamida con albúmina de huevo nativa". J. Gen. Physiol . 23 (3): 321–31. doi :10.1085/jgp.23.3.321. PMC 2237930 . PMID  19873158. 
  4. ^ Polgar, L (1979). "Efectos de los isótopos de deuterio en la acilación de la papaína. Evidencia de la falta de catálisis básica general y de la interacción enzima-grupo saliente". Eur. J. Biochem . 98 (2): 369–374. doi : 10.1111/j.1432-1033.1979.tb13196.x . PMID  488108.
  5. ^ Müller (2017). "La evaluación sistemática de la reducción y alquilación de proteínas revela efectos secundarios masivos e inespecíficos por reactivos que contienen yodo". Proteómica molecular y celular . 16 (7): 1173–1187. doi : 10.1074/mcp.M116.064048 . PMC 5500753 . PMID  28539326. 

Enlaces externos