Una vía biológica es una serie de interacciones entre moléculas de una célula que conducen a un determinado producto o cambio en una célula. Una vía de este tipo puede desencadenar el ensamblaje de nuevas moléculas, como una grasa o una proteína. Las vías también pueden activar y desactivar genes, o estimular el movimiento de una célula. [1] Algunas de las vías biológicas más comunes están involucradas en el metabolismo , la regulación de la expresión genética y la transmisión de señales . Las vías desempeñan un papel clave en los estudios avanzados de genómica .
Tipos de vías biológicas más comunes: [1]
Bases de datos de rutas
- La base de datos KEGG Pathway es una base de datos de búsqueda de rutas popular muy utilizada por los biólogos.
- WikiPathways es una base de datos de rutas seleccionada por la comunidad que utiliza el concepto "wiki". Todas las vías tienen licencia abierta y se pueden utilizar libremente.
- Reactome es una base de datos en línea gratuita y seleccionada manualmente sobre vías biológicas.
- NCI-Nature Pathway Interaction Database es una base de datos biomédica gratuita de vías de señalización celular humana (nuevo nombre oficial: NCI Nature Pathway Interaction Database: Pathway, sinónimo: PID).
- PhosphoSitePlus es una base de datos de modificaciones postraduccionales observadas en proteínas humanas y de ratón; un recurso de biología de sistemas en línea que proporciona información completa y herramientas para el estudio de modificaciones postraduccionales de proteínas (PTM), incluidas la fosforilación, ubiquitinación, acetilación y metilación.
- La colección de bases de datos de BioCyc es una variedad de bases de datos de rutas/genomas específicas de organismos.
- La base de datos de referencia de proteínas humanas es una plataforma centralizada para representar visualmente e integrar información relacionada con la arquitectura del dominio, modificaciones postraduccionales, redes de interacción y asociación de enfermedades para cada proteína en el proteoma humano (la última versión fue la número 9 en 2010).
- PANTHER (Análisis de proteínas a través de relaciones evolutivas) es una gran base de datos biológica seleccionada de familias de genes/proteínas y sus subfamilias funcionalmente relacionadas que se puede utilizar para clasificar e identificar la función de productos genéticos.
- TRANSFAC (base de datos TRANScription FACtor) es una base de datos seleccionada manualmente de factores de transcripción eucariotas, sus sitios de unión genómica y perfiles de unión al ADN (proporcionada por geneXplain GmbH).
- MiRTarBase es una base de datos seleccionada de interacciones MicroRNA-Target.
- DrugBank es una base de datos en línea integral, de alta calidad y de libre acceso que contiene información sobre medicamentos y sus objetivos.
- esyN es un visor y constructor de redes que permite importar rutas desde la base de datos de biomodelos o desde biogrid, flybase pombase y ver qué medicamentos interactúan con las proteínas en su red.
- La base de datos de toxicogenómica comparada (CTD) es un sitio web público y una herramienta de investigación que recopila datos científicos que describen las relaciones entre sustancias químicas/fármacos, genes/proteínas, enfermedades, taxones, fenotipos, anotaciones GO, vías y módulos de interacción; CTD ilumina cómo los químicos ambientales afectan la salud humana.
- Pathway commons es un proyecto y una base de datos que utiliza el lenguaje BioPAX para convertir, integrar y consultar otras bases de datos de interacción y vías biológicas.
Ver también
Fuentes
- ^ ab "Hoja informativa sobre vías biológicas".
