La Copa de la UEFA 2003-04 la ganó el Valencia en la final contra el Marsella . Consiguió un doblete de Liga y Copa de la UEFA para el Valencia.
Porto no pudo defender su título ya que se clasificó automáticamente para la Liga de Campeones de la UEFA 2003-04 y también ganó la final para ganar su segundo título de la Copa de Europa.
Para la Copa de la UEFA 2003-04, a las federaciones se les asignaron plazas de acuerdo con sus coeficientes de país de la UEFA de 2002, que tuvieron en cuenta su desempeño en las competiciones europeas de 1997-98 a 2001-02.
Las etiquetas entre paréntesis muestran cómo cada equipo se clasificó para el lugar de su ronda inicial: [1]
Viktoria Žižkov ganó por 6-1 en el global.
Groclin ganó 6-1 en el global.
Matador Púchov ganó 6-1 en total.
Nordsjælland ganó 6-0 en el global.
Hapoel Tel Aviv ganó 3-2 en el global.
Sartid ganó 4-1 en el global.
Publikum ganó 12-2 en total.
Dnipro Dnipropetrovsk ganó 2-0 en el global.
Artmedia Petržalka ganó 2-0 en el global.
El Dinamo București ganó 6-3 en el global.
El Estrella Roja de Belgrado ganó 8-2 en el global.
Lens ganó 5-0 en el global.
Odense ganó 4-1 en el global.
Varteks ganó 6-3 en total.
3-3 en total. Ventspils ganó por goles a domicilio.
El Levski Sofia ganó 6-1 en el global.
Maccabi Haifa ganó 6-0 en el global.
Željezničar ganó 4-1 en el global.
Debrecen ganó 3-2 en el global.
Lyn ganó 9-1 en total.
Zimbru Chişinău ganó 2-0 en el global.
Esbjerg ganó 9-1 en el global.
Kärnten ganó 3-2 en el global.
Malmö ganó 6-0 en el global.
1-1 en total. Steaua București ganó por goles a domicilio.
MyPa ganó 5-4 en total.
Brøndby ganó 5-0 en el global.
Ferencváros ganó 6-0 en el global
AIK ganó 1-0 en el global.
Kamen Ingrad ganó 9-1 en el global
Molde ganó 6-0 en el global
2-2 en total. El Hajduk Split ganó gracias a los goles a domicilio.
Neuchâtel Xamax ganó 4-0 en el global.
El APOEL ganó 5-1 en el global.
Torpedo Moscú ganó 9-0 en el global.
Dundee ganó 6-0 en total.
Lokeren ganó 7-1 en el global.
Olimpija Ljubljana ganó 4-2 en el global
El Manchester City ganó 7-0 en el global.
1-1 en total. Cementarnica 55 ganó gracias a los goles a domicilio.
União de Leiria ganó 6-2 en el global.
2-2 en total. Torpedo Moscú ganó 3-2 en la tanda de penaltis.
Gaziantepspor ganó 1-0 en el global.
Groclin ganó 1-0 en el global.
1-1 en total. El Hajduk Split ganó gracias a los goles a domicilio.
El Levski Sofia ganó 5-0 en el global.
Debrecen ganó 6-3 en el global.
El Spartak de Moscú ganó por 3-1 en el global.
1-1 en total. El Vålerenga ganó gracias a los goles a domicilio.
Panionios ganó 3-1 en el global.
Slavia Praga ganó 4-2 en el global.
La Roma ganó 5-1 en el global.
Utrecht ganó 6-0 en el global.
Rosenborg ganó 10-1 en el global.
Burdeos ganó 3-2 en el global.
Steaua București ganó 2-1 en el global.
El PAOK ganó 3-1 en el global.
Dnipro Dnipropetrovsk ganó 4-2 en el global.
Molde ganó 3-2 en el global.
El Maccabi Haifa ganó 4-3 en el global.
El Dinamo București ganó 5-2 en el global.
Villarreal ganó 3-2 en el global.
Sochaux ganó 3-0 en el global.
Basilea ganó 3-2 en el global.
2-2 en total. Copenhague ganó 3-2 en la tanda de penaltis.
El Sporting CP ganó 3-0 en el global.
El Dinamo Zagreb ganó por 3-1 en el global.
El Newcastle United ganó 6-0 en el global.
Hearts ganó 2-0 en el global.
Auxerre ganó 2-0 en el global.
El Estrella Roja de Belgrado ganó 6-5 en el global.
Aris ganó 3-2 en el global.
El Borussia Dortmund ganó por 3-1 en el global.
El Manchester City ganó 4-2 en el global.
Wisła Kraków ganó 4-2 en el global.
Perugia ganó 3-1 en el global.
Parma ganó 4-1 en el global.
2-2 en total. El Austria Salzburgo ganó por goles a domicilio.
El Liverpool ganó 4-1 en el global.
Mallorca ganó 6-3 en el global.
Gençlerbirlagi ganó 4-2 en el global.
Barcelona ganó 9-1 en el global.
Valencia ganó 2-0 en el global.
El Benfica ganó 2-1 en el global.
Brøndby ganó 2-0 en el global.
Teplice ganó 3-1 en el global.
Feyenoord ganó 3-1 en el global.
Schalke 04 ganó 1-0 en el global.
2–2 on aggregate. Levski Sofia won on away goals.
1–1 on aggregate. Groclin won on away goals.
Dnipro Dnipropetrovsk won 3–1 on aggregate.
1–1 on aggregate. Debrecen won on away goals.
Villarreal won 2–1 on aggregate.
Teplice won 3–1 on aggregate.
Parma won 9–0 on aggregate.
3–3 on aggregate. Brøndby won 3–1 on penalty shootout.
Gaziantepspor won 6–1 on aggregate.
Rosenborg won 1–0 on aggregate.
Spartak Moscow won 5–3 on aggregate.
Perugia won 3–1 on aggregate.
Benfica won 5–1 on aggregate.
0–0 on aggregate. Vålerenga won 4–3 on penalty shootout.
Sochaux won 6–2 on aggregate.
Auxerre won 4–0 on aggregate.
Newcastle United won 4–2 on aggregate.
Roma won 2–1 on aggregate.
Bordeaux won 2–1 on aggregate.
Liverpool won 2–1 on aggregate.
Mallorca won 3–2 on aggregate.
Barcelona won 5–0 on aggregate.
Gençlerbirliği won 4–1 on aggregate.
Valencia won 4–0 on aggregate.
Gençlerbirliği won 4–0 on aggregate.
Marseille won 1–0 on aggregate.
Roma won 2–1 on aggregate.
Celtic won 3–1 on aggregate.
Bordeaux won 6–2 on aggregate.
Club Brugge won 1–0 on aggregate.
Valencia won 5–2 on aggregate.
Liverpool won 6–2 on aggregate.
PSV Eindhoven won 3–1 on aggregate.
Auxerre won 1–0 on aggregate.
2–2 on aggregate. Benfica won on away goals.
2–2 on aggregate. Internazionale won on away goals.
Newcastle United won 4–2 on aggregate.
Mallorca won 3–1 on aggregate.
Barcelona won 3–1 on aggregate.
Villarreal won 5–2 on aggregate.
Bordeaux won 4–1 on aggregate.
PSV Eindhoven won 4–1 on aggregate.
Villarreal won 3–2 on aggregate.
Celtic won 1–0 on aggregate.
Newcastle United won 7–1 on aggregate.
Internazionale won 4–3 on aggregate.
Marseille won 3–2 on aggregate.
Valencia won 2–1 on aggregate.
The first legs were played on 8 April, and the second legs were played on 14 April 2004.
Villarreal won 3–1 on aggregate.
Marseille won 2–0 on aggregate.
Newcastle United won 3–2 on aggregate.
Valencia won 4–2 on aggregate.
The first legs were played on 22 April, and the second legs were played on 6 May 2004.
Marseille won 2–0 on aggregate.
Valencia won 1–0 on aggregate.