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Rueda helicoidal

Ejemplo de una secuencia de aminoácidos representada en una rueda helicoidal. Los residuos alifáticos se muestran como cuadrados azules, los residuos polares o con carga negativa como rombos rojos y los residuos con carga positiva como octógonos negros.

Una rueda helicoidal es un tipo de gráfico o representación visual que se utiliza para ilustrar las propiedades de las hélices alfa en las proteínas .

La secuencia de aminoácidos que componen una región helicoidal de la estructura secundaria de la proteína se traza de manera rotatoria donde el ángulo de rotación entre aminoácidos consecutivos es de 100°, de modo que la representación final mira hacia abajo sobre el eje helicoidal.

Polaridad y características

El diagrama revela si los aminoácidos hidrófobos se concentran en un lado de la hélice, generalmente con aminoácidos polares o hidrófilos en el otro. Esta disposición es común en las hélices alfa dentro de las proteínas globulares , donde una cara de la hélice está orientada hacia el núcleo hidrófobo y una cara está orientada hacia la superficie expuesta al solvente . También se revelan patrones específicos característicos de los pliegues de proteínas y los motivos de acoplamiento de proteínas , como en la identificación de las regiones de dimerización de cremallera de leucina y las bobinas enrolladas . Este diagrama de proyección a menudo se denomina "rueda de Edmundson" en honor a su inventor. [1]

Dibujo de ruedas helicoidales

Las ruedas helicoidales se pueden dibujar mediante una variedad de paquetes de software, incluidos helixvis [2] en R , heliquest en R o mediante el servidor HELIQUEST. [3]

Referencias

  1. ^ Schiffer M, Edmundson AB (1967). "Uso de ruedas helicoidales para representar las estructuras de proteínas e identificar segmentos con potencial helicoidal". Biophysical Journal . 7 (2): 121–35. Bibcode :1967BpJ.....7..121S. doi :10.1016/S0006-3495(67)86579-2. PMC  1368002 . PMID  6048867.
  2. ^ Wadhwa, R; Subramanian, V; Stevens-Truss, R (2018). "Visualización de péptidos alfa-helicoidales en R con helixvis". Revista de software de código abierto . 3 (31): 1008. Bibcode :2018JOSS....3.1008W. doi : 10.21105/joss.01008 .
  3. ^ Gautier, R; Douguet, D; Antonny, B; Drin, G (2008). "HELIQUEST: un servidor web para examinar secuencias con propiedades alfa-helicoidales específicas". Bioinformática . 24 (18): 2101–2102. doi : 10.1093/bioinformatics/btn392 . PMID  18662927.

Lectura adicional

Enlaces externos