Uno de los aspectos más destacados del gobierno de Tombalbaye fue su autoritarismo y su desconfianza hacia la democracia. Ya en enero de 1962 prohibió todos los partidos políticos, excepto su propio PPT, y comenzó de inmediato a concentrar todo el poder en sus manos. Su trato a los oponentes, reales o imaginarios, fue extremadamente duro y llenó las cárceles con miles de presos políticos.
Pero lo peor fue la discriminación constante que ejerció contra las regiones del centro y norte del Chad, donde los administradores del sur del país llegaron a ser considerados arrogantes e incompetentes. Este resentimiento finalmente estalló en una revuelta fiscal el 2 de septiembre de 1965 en la prefectura de Guéra , que causó 500 muertos. El año siguiente vio nacer en Sudán el Frente de Liberación Nacional del Chad (FROLINAT), creado para derrocar militarmente a Tombalbaye y el dominio del sur. Fue el comienzo de una sangrienta guerra civil. [1]
Tombalbaye recurrió a las tropas francesas, que, aunque tuvieron un éxito moderado, no lograron sofocar por completo la insurgencia. Más afortunada fue su decisión de romper con los franceses y buscar lazos amistosos con el líder libio Gadafi , lo que les quitó a los rebeldes su principal fuente de suministros.
Pero, aunque había obtenido algunos éxitos contra los rebeldes, Tombalbaye empezó a comportarse de forma cada vez más irracional y brutal, minando cada vez más el consenso que tenía entre las élites del sur, que dominaban todos los puestos clave del ejército, la administración pública y el partido gobernante. Como consecuencia de ello, el 13 de abril de 1975, varias unidades de la gendarmería de Yamena mataron a Tombalbaye durante un golpe de Estado .
El presidente François Tombalbaye se enfrentó a una tarea de considerable magnitud cuando Chad se convirtió en un estado soberano en 1960. Su desafío era construir una nación a partir de un territorio vasto y diverso que tenía malas comunicaciones , pocos recursos conocidos, un mercado minúsculo y una colección de personas empobrecidas con tradiciones políticas, lealtades étnicas y regionales y patrones socioculturales marcadamente diferentes. Las potencias coloniales francesas que habían creado las fronteras del país habían hecho poco para promover la interdependencia económica, la cooperación política o el entendimiento intercultural. Los chadianos que habían esperado que el primer presidente del país pudiera resultar un constructor del Estado como Dabbalemi en el siglo XIII o Aluma en el siglo XVI pronto se sintieron decepcionados. Durante sus primeros quince años, Chad bajo el gobierno de Tombalbaye experimentó un empeoramiento de las condiciones económicas, la alienación final del más paciente de los aliados extranjeros, la exacerbación del conflicto étnico y regional y el grave debilitamiento del Estado como instrumento de gobierno.