Los sistemas de clasificación química intentan clasificar elementos o compuestos según determinadas propiedades químicas funcionales o estructurales . Mientras que las propiedades estructurales son en gran medida intrínsecas , las propiedades funcionales y las clasificaciones derivadas dependen en cierta medida del tipo de interlocutores químicos en la interacción sobre los que se ejerce la función. A veces, para construir taxonomías químicas también se utilizan otros criterios, como los puramente físicos (p. ej. el peso molecular ) o, por el contrario, las propiedades funcionales por encima del nivel químico .
Algunos sistemas mezclan los distintos niveles, lo que da como resultado jerarquías en las que los dominios se confunden ligeramente; por ejemplo, los aspectos estructurales y funcionales terminan en el mismo nivel. Mientras que la función química depende estrechamente de la estructura química, la situación se vuelve más complicada cuando, por ejemplo, se integra la función farmacológica , porque el QSAR normalmente no puede calcularse directamente a partir de las cualidades estructurales.
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