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Número de la Comisión de Enzimas

El número de la Comisión de Enzimas ( número CE ) es un esquema de clasificación numérica para enzimas , basado en las reacciones químicas que catalizan . [1] Como sistema de nomenclatura de enzimas , cada número CE está asociado con un nombre recomendado para la reacción catalizada por enzima correspondiente.

Los números EC no especifican enzimas sino reacciones catalizadas por enzimas. Si diferentes enzimas (por ejemplo, de diferentes organismos) catalizan la misma reacción, entonces reciben el mismo número EC. [2] Además, a través de la evolución convergente , pliegues de proteínas completamente diferentes pueden catalizar una reacción idéntica (a veces se las llama enzimas isofuncionales no homólogas ) [3] y, por lo tanto, se les asignaría el mismo número EC. Por el contrario, los identificadores UniProt especifican de forma única una proteína por su secuencia de aminoácidos. [4]

Formato de numero

Cada código de enzima consta de las letras "EC" seguidas de cuatro números separados por puntos. Estos números representan una clasificación progresivamente más precisa de la enzima. Existen números EC preliminares y tienen una "n" como parte del cuarto dígito (de serie) (por ejemplo, EC 3.5.1.n3). [2]

Por ejemplo, las aminopeptidasas tripéptidos tienen el código "EC 3.4.11.4", cuyos componentes indican los siguientes grupos de enzimas:

Códigos de nivel superior

NB: El número de clasificación de la enzima es diferente del 'NÚMERO DE FORMATO'

Similitud de reacción

La similitud entre reacciones enzimáticas se puede calcular utilizando cambios de enlace, centros de reacción o métricas de subestructura (anteriormente EC-BLAST], ahora el Portal de enzimas EMBL-EBI). [6]

Historia

Antes del desarrollo del sistema de numeración EC, las enzimas se nombraban de forma arbitraria y se utilizaban comúnmente nombres como enzima amarilla antigua y enzima málica , que dan poca o ninguna pista sobre qué reacción se catalizaba. La mayoría de estos nombres han caído en desuso, aunque todavía se utilizan unas pocas, especialmente enzimas proteolíticas con muy baja especificidad, como pepsina y papaína , ya que la clasificación racional sobre la base de la especificidad ha sido muy difícil.

En la década de 1950, el caos se estaba volviendo intolerable y, después de que Hoffman-Ostenhof [7] y Dixon y Webb [8] propusieran esquemas algo similares para clasificar las reacciones catalizadas por enzimas, el Congreso Internacional de Bioquímica en Bruselas creó la Comisión de Enzimas bajo la presidencia de Malcolm Dixon en 1955. La primera versión se publicó en 1961 y la Comisión de Enzimas se disolvió en ese momento, aunque su nombre sigue vivo en el término Número EC . La sexta edición actual, publicada por la Unión Internacional de Bioquímica y Biología Molecular en 1992 como la última versión publicada como libro impreso, contiene 3196 enzimas diferentes. Los suplementos 1-4 se publicaron entre 1993 y 1999. Los suplementos posteriores se han publicado electrónicamente, en el sitio web del Comité de Nomenclatura de la Unión Internacional de Bioquímica y Biología Molecular. [5] En agosto de 2018, la IUBMB modificó el sistema agregando la categoría de nivel superior EC 7 que contiene translocasas. [9]

Véase también

Referencias

  1. ^ Webb, EC (1992). Nomenclatura enzimática 1992: recomendaciones del Comité de Nomenclatura de la Unión Internacional de Bioquímica y Biología Molecular sobre la nomenclatura y clasificación de las enzimas . Academic Press. ISBN 978-0-12-227164-9.
  2. ^ ab «ENZIMA (Base de datos de nomenclatura de enzimas)». ExPASy. Archivado desde el original el 21 de marzo de 2019. Consultado el 24 de abril de 2019 .
  3. ^ Omelchenko MV, Galperin MY, Wolf YI, Koonin EV (2010). "Enzimas isofuncionales no homólogas: un análisis sistemático de soluciones alternativas en la evolución de enzimas". Biology Direct . 5 (1): 31. doi : 10.1186/1745-6150-5-31 . PMC 2876114 . PMID  20433725. 
  4. ^ Apweiler R, Bairoch A, Wu CH, Barker WC, Boeckmann B, Ferro S, Gasteiger E, Huang H, Lopez R, Magrane M, Martin MJ, Natale DA, O'Donovan C, Redaschi N, Yeh LS (enero de 2004). "UniProt: la base de conocimiento universal sobre proteínas". Nucleic Acids Research . 32 (número de la base de datos): D115–9. doi :10.1093/nar/gkh131. PMC 308865 . PMID  14681372. 
  5. ^ ab Moss GP. "Recomendaciones del Comité de Nomenclatura". Unión Internacional de Bioquímica y Biología Molecular sobre la nomenclatura y clasificación de enzimas según las reacciones que catalizan. Archivado desde el original el 10 de septiembre de 2018. Consultado el 14 de marzo de 2006 .
  6. ^ Rahman SA, Cuesta SM, Furnham N, Holliday GL, Thornton JM (febrero de 2014). "EC-BLAST: una herramienta para buscar y comparar automáticamente reacciones enzimáticas". Nature Methods . 11 (2): 171–174. doi :10.1038/nmeth.2803. PMC 4122987 . PMID  24412978. 
  7. ^ Hoffman-Ostenhof, O (1953). "Sugerencias para una clasificación y nomenclatura más racional de las enzimas". Avances en enzimología y temas relacionados de bioquímica . 14 : 219–260. doi :10.1002/9780470122594.ch7. ISBN . 9780470122594. Número de identificación personal  13057718.
  8. ^ Dixon, M; Webb, EC (1958). Enzimas . Londres: Longmans Green. págs. 183–227.
  9. ^ Tipton, Keith (agosto de 2018). "Novedades sobre nomenclatura enzimática: translocasas (EC 7): una nueva clase de EC". ExplorEnz: la fuente principal de la lista de enzimas de la IUBMB. Archivado desde el original el 10 de septiembre de 2018. Consultado el 3 de noviembre de 2018 .

Enlaces externos

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  • Número de enzima CE (P591) (ver usos )