La primera ronda de la Copa de la UEFA 2008-09 comenzó el 16 de septiembre de 2008, y los clubes quedaron reducidos a 40 equipos en preparación para la fase de grupos.
En la primera ronda del torneo participaron 32 equipos, junto con los 32 ganadores de la ronda anterior y los 16 perdedores de la tercera ronda de clasificación de la Liga de Campeones . Los 80 equipos se dividieron en ocho grupos de diez equipos: cinco equipos cabezas de serie y cinco equipos no cabezas de serie. El sorteo se basó en su clasificación por coeficiente con una excepción: ningún país puede tener varios equipos en ningún grupo. Los equipos clasificados en el puesto 108 o superior fueron cabezas de serie, al igual que los equipos no clasificados de Inglaterra y España. El sorteo, que fue realizado por el Secretario General de la UEFA David Taylor , se celebró el 29 de agosto de 2008 a las 13:00 CET en Mónaco.
Los partidos se jugaron el 18 de septiembre y el 2 de octubre de 2008.
Nueve de las 40 eliminatorias fueron ganadas por equipos no cabezas de serie. Los nueve equipos cabezas de serie perdedores, con su clasificación, fueron: Everton (50), Rapid București (58), Beşiktaş (60), Sparta Praga (68), Dinamo București (69), Levski Sofía (80), Austria Viena (82), Rennes (97) y Hapoel Tel Aviv (108).
El Hertha BSC ganó 2-0 en el global.
El Schalke 04 ganó 5-2 en el global.
El Olympiacos ganó 7-0 en el global.
El CSKA de Moscú ganó 3-1 en el global.
El Rosenborg ganó 5-3 en el global.
El VfB Stuttgart ganó 4-3 en el global.
Rennes 2-2 Twente en el global. Twente ganó por el valor doble de los goles de visitante.
El Ajax ganó 6-1 en el global.
El Tottenham Hotspur ganó 3-2 en el global.
Copenhague ganó 3-2 en el global.
MŠK Žilina ganó 2-1 en el global.
Borussia Dortmund 2-2 Udinese en el global. Udinese ganó 4-3 en los penaltis.
El Braga ganó 6-0 en el global.
Feyenoord 2-2 Kalmar en el global. Feyenoord ganó por el valor doble de los goles marcados fuera de casa.
El Hamburger SV ganó 2-0 en el global.
Saint-Étienne ganó 4-2 en el global.
El Milan ganó 4-1 en el global.
El Partizan ganó 3-1 en el global.
Aston Villa ganó 4-2 en el global.
Lech Poznań ganó 5-4 en el global.
Heerenveen ganó 6-3 en el global.
Brann 2-2 Deportivo La Coruña en el global. El Deportivo La Coruña ganó 3-2 en los penaltis.
Slavia Praga 1–1 Vaslui en el global. Slavia Praga ganó por el valor doble de los goles marcados fuera de casa.
El Spartak de Moscú ganó 2-1 en el global.
Metalist Kharkiv ganó 4-2 en el global.
Portsmouth ganó 4-2 en el global.
El Paris Saint-Germain ganó 2-1 en el global.
El Sevilla ganó 4-0 en el global.
El VfL Wolfsburgo ganó 2-1 en el global.
La Sampdoria ganó 7-1 en el global.
El Valencia ganó 3-1 en el global.
Dinamo Zagreb 3–3 Sparta Praga en el global. Dinamo Zagreb ganó por el valor doble de los goles marcados fuera de casa.
El Manchester City ganó 4-2 en el global.
El Club Brugge ganó 4-2 en el global.
Nancy ganó 3-0 en el global.
El Standard de Lieja ganó 4-3 en el global.
El Benfica ganó 4-3 en el global.
El Galatasaray ganó 6-4 en el global.
NEC ganó 1-0 en el global.
El Racing de Santander ganó 2-0 en el global.