En la confluencia entre los ríos Juruena y Teles Pires, en Barra do Sao Manoel, es donde nace propiamente el río Tapajós.El río sigue discurriendo aguas abajo, en un tramo de gran anchura, bañando Itaituba (124.865 hab.en 2008), Pedreiras, Aveiro, Pinhel, Camara, Belterra, Alterdo Chao y finalmente Santarém, ya en la boca con el río Amazonas, la más importante de todo el curso (274.012 habitantes en 2005).Sus principales afluentes son los ríos Cururu, Tropas, Crepori, río Jamanxim (510 km) y Arapiuns, casi en la desembocadura.En Ruropolis, la Transamazónica se cruza con el eje Cuiabá-Santarém (BR-163), la principal vía de comunicación terrestre del Mato Grosso.Desde Santarém hasta el Maranhão Grande, el río Tapajós es navegable incluso para embarcaciones de gran tamaño.
El Tapajós en
Santarén
. Aquí el río tiene un ancho de 12 km, mayor que el del propio Amazonas en este tramo.
