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Atlas del genoma del cáncer

El Atlas del Genoma del Cáncer ( TCGA ) es un proyecto para catalogar las alteraciones genómicas responsables del cáncer utilizando la secuenciación genómica y la bioinformática . [1] [2] El objetivo general era aplicar técnicas de análisis genómico de alto rendimiento para mejorar la capacidad de diagnosticar, tratar y prevenir el cáncer a través de una mejor comprensión de la base genética de la enfermedad.

El TCGA fue supervisado por el Centro de Genómica del Cáncer del Instituto Nacional del Cáncer y el Instituto Nacional de Investigación del Genoma Humano financiado por el gobierno de los EE. UU. Un proyecto piloto de tres años, iniciado en 2006, se centró en la caracterización de tres tipos de cánceres humanos: glioblastoma multiforme , carcinoma escamoso de pulmón y adenocarcinoma seroso de ovario . [3] En 2009, se expandió a la fase II, que planeaba completar la caracterización genómica y el análisis de secuencia de 20 a 25 tipos de tumores diferentes para 2014. Finalmente, el TCGA superó esa meta, caracterizando 33 tipos de cáncer, incluidos 10 cánceres raros. [4] [5]

El proyecto inicialmente se propuso recolectar y caracterizar 500 muestras de pacientes, más que la mayoría de los estudios genómicos de su tiempo, y utilizó una variedad de técnicas moleculares diferentes. Las técnicas incluyeron perfiles de expresión génica , perfiles de variación del número de copias , genotipado de SNP , perfiles de metilación de ADN de todo el genoma , perfiles de microARN y secuenciación de exones . Con las limitaciones de la tecnología naciente y los costos al comienzo del proyecto, se realizaron muchas tecnologías basadas en matrices y una secuenciación genética dirigida limitada. Durante II, TCGA pudo comenzar a realizar la secuenciación completa del exoma y el transcriptoma completo en todos los casos y la secuenciación completa del genoma en el 10% de los casos utilizados en el proyecto.

Objetivos

El objetivo del proyecto piloto de TCGA era establecer una infraestructura para recolectar, caracterizar molecularmente y analizar 500 cánceres y controles emparejados. El trabajo requirió una amplia cooperación entre un equipo de científicos de varias instituciones y la evaluación de múltiples tecnologías de alto rendimiento en expansión. TCGA quería no solo generar datos genómicos de alta calidad y biológicamente significativos, sino también poner esos datos a disposición de la comunidad de investigación del cáncer de forma gratuita. [6]

Durante la fase piloto se exploraron tres tipos de tumores: glioblastoma multiforme (GBM), adenocarcinoma seroso de ovario de alto grado y carcinoma escamoso de pulmón. Tras el éxito de la fase piloto, TCGA amplió sus esfuerzos para caracterizar otros tipos de cáncer y proporcionar un conjunto de datos genómicos amplio y rico para realizar más descubrimientos en el campo de la investigación del cáncer. [ cita requerida ]

Gestión

El TCGA fue cogestionado por científicos y administradores del Instituto Nacional del Cáncer (NCI) y el Instituto Nacional de Investigación del Genoma Humano (NHGRI). Con la expansión del TCGA de la fase piloto a la Fase II en octubre de 2009, el NCI creó una Oficina del Programa TCGA para ayudar a gestionar el proyecto. El Dr. Jean Claude Zenklusen ha sido el director de la oficina desde agosto de 2013. [ cita requerida ]

La Oficina del Programa TCGA fue responsable de la operación de seis Centros de Caracterización Genómica, siete Centros de Análisis Genómico, el Recurso Básico de Bioespecímenes, el Centro de Coordinación de Datos y aproximadamente un tercio de la secuenciación realizada para el proyecto por los tres Centros de Secuenciación Genómica. [7] Además, la Oficina del Proyecto TCGA fue responsable de coordinar la obtención de tejidos para el TCGA. La Dra. Carolyn Hutter, directora del proyecto para el NHGRI, dirigió dos tercios de la secuenciación en los Centros de Secuenciación Genómica.

El Comité Directivo estuvo integrado por miembros de los equipos del NCI y del NHGRI, junto con los investigadores principales financiados por el proyecto. El Comité Directivo se encargó de supervisar la validez científica del proyecto, mientras que el equipo administrativo del NCI/NHGRI se aseguró de que se cumplieran los avances y los objetivos científicos del proyecto, de que este se completara a tiempo y dentro del presupuesto, y de que los distintos componentes del proyecto trabajaran juntos.

Acumulación de tejido

Los requisitos de tejido variaban de un tipo de tejido a otro y de un tipo de cáncer a otro. Los expertos en enfermedades de los Grupos de Trabajo de Enfermedades del proyecto ayudaron a definir las características de las muestras de tejido típicas acumuladas como "estándar de atención" en los Estados Unidos y cómo TCGA podría utilizar mejor el tejido. Por ejemplo, el Grupo de Trabajo de Enfermedades Cerebrales determinó que las muestras que contenían más del 50% de necrosis no serían adecuadas para TCGA y que se requería un 80% de núcleos tumorales en la parte viable del tumor. TCGA siguió algunas pautas generales como punto de partida para recolectar muestras de cualquier tipo de tumor, incluido un  tamaño mínimo de 200 mg , no menos del 80% de núcleos tumorales y una fuente coincidente de ADN de línea germinal (como sangre o ADN purificado ). [8] Además, las instituciones que enviaron tejidos a TCGA debían incluir un conjunto mínimo de datos clínicos según lo definido por el Grupo de Trabajo de Enfermedades, consentimientos firmados que hayan sido aprobados por la IRB de su institución, así como un acuerdo de transferencia de material con TCGA.

En 2009, el NCI retiró aproximadamente $130 millones de ARRA del "contrato principal" del NCI con Science Applications International Corporation (SAIC) para financiar la acumulación de tejido y una variedad de otras actividades a través de la Oficina de Adquisiciones del NCI. $42 millones estaban disponibles para la acumulación de tejido a través del NCI utilizando "solicitudes de cotizaciones" (RFQ) y "solicitudes de propuestas" (RFP) para generar órdenes de compra y contratos, respectivamente. Las RFQ se utilizaron principalmente para la recolección de muestras retrospectivas de bancos establecidos, mientras que las RFP se utilizaron para la recolección prospectiva de muestras. TCGA finalizó la recolección de muestras en diciembre de 2013, con casi 20.000 bioespecímenes. [9]

Las instituciones que aportaron muestras al TCGA recibieron un pago y obtuvieron acceso anticipado a los datos moleculares generados en sus muestras, manteniendo al mismo tiempo un vínculo entre el identificador único del TCGA y su propio identificador único. Esto permitió a las instituciones contribuyentes vincularse con los datos clínicos de sus muestras y entablar colaboraciones con otras instituciones que tenían datos similares sobre muestras del TCGA, aumentando así el poder del análisis de resultados.

Organización

El TCGA gestionó varios tipos de centros diferentes que recibieron financiación para generar y analizar datos. El TCGA fue el primer proyecto de genómica a gran escala financiado por el NIH que incluyó recursos significativos para el descubrimiento bioinformático. El NCI ha dedicado el 50% de los fondos asignados al TCGA, aproximadamente 12 millones de dólares al año, a financiar el descubrimiento bioinformático. Los centros de caracterización del genoma y los centros de secuenciación del genoma generaron datos. Dos centros de análisis de datos del genoma separados utilizaron los datos para el descubrimiento bioinformático. Se financiaron dos centros para aislar biomoléculas de muestras de pacientes y un centro se financia para almacenar los datos. Este flujo de trabajo ha evolucionado a lo largo de los años y no se conoce como el proceso de caracterización del genoma del NCI. [10]

Recurso básico de bioespecímenes

El recurso central de bioespecímenes (BCR) se encargó de verificar la calidad y la cantidad de tejido enviado por los sitios de origen de tejido, aislar el ADN y el ARN de las muestras, realizar el control de calidad de estas biomoléculas y enviar las muestras procesadas a los GSC y los GCC. El Consorcio Internacional de Genómica recibió el contrato para iniciar el BCR para el proyecto piloto. Hubo dos BCR financiados por el NCI al comienzo del proyecto completo: el Nationwide Children's Hospital y el Consorcio Internacional de Genómica. Los BCR se volvieron a convocar en 2010 y el Nationwide Children's Hospital recibió el contrato. [11]

Centros de secuenciación del genoma

El NCI y el NHGRI financiaron conjuntamente tres centros de secuenciación genómica (GCC): el Broad Institute , el McDonnell Genome Institute de la Universidad de Washington y el Baylor College of Medicine . Los tres centros de secuenciación han pasado de la secuenciación Sanger a la secuenciación de próxima generación (NGS). Se probaron e implementaron simultáneamente diversas tecnologías de NGS.

Centros de caracterización del genoma

El NCI financió siete centros de caracterización del genoma: el Instituto Broad, Harvard, la Universidad de Carolina del Norte, el Centro Oncológico MD Anderson, el Instituto Van Andel, el Baylor College of Medicine y el Centro Oncológico de Columbia Británica.

Centro de coordinación de datos

El Centro de Coordinación de Datos (DCC) fue el repositorio central de los datos del TCGA. También fue responsable del control de calidad de los datos que ingresaban a la base de datos del TCGA. El DCC también mantuvo el Portal de Datos del TCGA, que era donde los usuarios podían acceder a los datos procesados ​​del TCGA. Este trabajo fue realizado bajo contrato por científicos y desarrolladores de bioinformática de SRA International , Inc. Sin embargo, el DCC no alojó datos de secuenciación sin procesar. El Centro de Genómica del Cáncer (CGHub) del NCI fue el repositorio seguro para almacenar, catalogar y acceder a los datos relacionados con la secuencia. Este trabajo fue realizado por científicos y personal del Instituto de Genómica de la Universidad de California, Santa Cruz . Desde 2017, todos los tipos de datos se trasladaron al Genomic Data Commons del NCI. [12]

Centros de análisis de datos genómicos

Siete Centros de Análisis de Datos Genómicos (GDACs) financiados por el NCI/NHGRI fueron responsables de la integración de datos de todos los centros de caracterización y secuenciación, así como de la interpretación biológica de los datos del TCGA. Los GDACs incluyeron el Broad Institute, la Universidad de Carolina del Norte, la Universidad de Salud y Ciencias de Oregón, la Universidad de California, Santa Cruz, el MD Anderson Cancer Center, el Memorial Sloan Kettering Cancer Center y el Institute for Systems Biology. Los siete GDAC trabajaron juntos para desarrollar un proceso de análisis de datos integrado.

Tipos de cáncer seleccionados para el estudio

Se generó una lista preliminar de tumores para que TCGA los estudiara mediante la compilación de estadísticas de incidencia y supervivencia del sitio web de estadísticas de cáncer de SEER. Además, se tuvo en cuenta el “estándar de atención” actual de los EE. UU. al elegir los 25 tipos de tumores principales, ya que TCGA se centraba en los tipos de tumores en los que la resección antes de la terapia adjunta era el estándar de atención. La disponibilidad de muestras también jugó un papel fundamental a la hora de determinar qué tipos de tumores estudiar y el orden en el que se inician los proyectos de tumores; cuanto más común sea el tipo de cáncer, más probable es que se acumulen muestras rápidamente para el estudio. Esto dio como resultado que los tipos de tumores comunes, como el cáncer de colon, pulmón y mama, se convirtieran en los primeros tipos de tumores incluidos en el proyecto, antes que los tipos de tumores raros.

Los tipos de cáncer seleccionados para el estudio por TCGA incluyeron: carcinoma de células escamosas de pulmón , carcinoma papilar de riñón, carcinoma renal de células claras, carcinoma ductal de mama, carcinoma de células renales , cáncer de cuello uterino (escamoso), adenocarcinoma de colon , adenocarcinoma de estómago, carcinoma rectal , carcinoma hepatocelular , carcinoma de células escamosas de cabeza y cuello (oral), carcinoma de tiroides , carcinoma urotelial de vejiga - no papilar, cuerpo uterino ( carcinoma endometrial ), adenocarcinoma ductal pancreático , leucemia mieloide aguda , adenocarcinoma de próstata , adenocarcinoma de pulmón , melanoma cutáneo , carcinoma lobulillar de mama y glioma de grado inferior , carcinoma de esófago , cistadenocarcinoma seroso de ovario , carcinoma de células escamosas de pulmón , carcinoma adrenocortical , linfoma difuso de células B grandes , paraganglioma y feocromocitoma , colangiocarcinoma , carcinosarcoma uterino , melanoma uveal , timoma , sarcoma , mesotelioma y cáncer de células germinales testiculares.

El TCGA comenzó a recopilar muestras de todos estos tipos de tumores simultáneamente. Los tipos de tumores con la mayor cantidad de muestras recopiladas se ingresaron primero en el proceso de caracterización. Los tipos de tumores más raros, que eran más difíciles de recopilar, y los tipos de tumores para los que el TCGA no pudo identificar una fuente de muestras de alta calidad se ingresaron en el proceso de producción del TCGA en el segundo año del proyecto. Esto le dio a la Oficina del Programa del TCGA tiempo adicional para recopilar muestras suficientes para el proyecto.

El TCGA y el Atlas de células de organogénesis de ratón (MOCA) se elaboraron mediante aprendizaje automático y aprendizaje profundo para comparar y encontrar correlaciones entre células cancerosas y embrionarias en el desarrollo y la diferenciación celular temprana . También se aplicaron para distinguir cambios en los patrones de expresión genética entre varios tipos de tumores de una fuente desconocida. [13]

Publicaciones de la TCGA

Glioblastoma multiforme

En 2008, el TCGA publicó sus primeros resultados sobre el glioblastoma multiforme (GBM) en Nature . [49] Estos primeros resultados caracterizaron y analizaron 91 pares de tumores y células normales. Si bien se recolectaron 587 bioespecímenes para el estudio, la mayoría fueron rechazados durante el control de calidad: las muestras de tumores debían contener al menos un 80 % de núcleos tumorales y no más del 50 % de necrosis, y una evaluación patológica secundaria debía estar de acuerdo con que el diagnóstico original de GBM era preciso. Se excluyó un último lote de muestras porque el ADN o ARN recolectado no era de suficiente calidad o cantidad para ser analizado por todas las diferentes plataformas utilizadas en el estudio.

Todos los datos de este estudio, así como los datos que se han recopilado desde la publicación, se pusieron a disposición del público en el Centro de Coordinación de Datos (DCC) de TCGA para acceso público (posteriormente trasladado al Genomic Data Commons). [50] La mayoría de los datos procesados ​​de TCGA son de acceso completamente abierto. Para los datos que podrían identificar potencialmente a pacientes específicos, los usuarios solicitan acceso controlado a los datos al Comité de Acceso a los Datos (DAC), que evalúa si el usuario final es un investigador de buena fe y está haciendo una pregunta científica legítima que amerita acceso a los datos a nivel individual. [51] Las credenciales de acceso a los datos ahora se administran a través del dbGAP de NIH.

Desde la publicación del primer artículo sobre marcadores, varios grupos de análisis dentro de la Red TCGA han presentado análisis más detallados de los datos sobre glioblastomas . Un grupo de análisis dirigido por Roel Verhaak, PhD, Katherine A. Hoadley , PhD, y D. Neil Hayes , MD, correlacionó con éxito los subtipos de expresión génica de glioma con anomalías genómicas. [52] El equipo de análisis de datos de metilación del ADN , dirigido por Houtan Noushmehr, PhD y Peter Laird, PhD, identificó un subconjunto distinto de muestras de glioma que muestra hipermetilación concertada en una gran cantidad de loci, lo que indica la existencia de un fenotipo metilador de isla CpG de glioma (G-CIMP). Los tumores G-CIMP pertenecen al subgrupo proneural y estaban estrechamente asociados con mutaciones somáticas IDH1 . [53] [54]

Adenocarcinoma seroso de ovario

TCGA informó sobre la expresión de ARNm, expresión de microARN, metilación del promotor, número de copias de ADN y secuenciación del exoma de 316 muestras de tumores de cáncer de ovario seroso de alto grado en Nature en junio de 2011. [55] Los investigadores encontraron mutaciones del gen TP53 en un abrumador 96% de los casos analizados. Se encontraron mutaciones recurrentes con menor frecuencia en un puñado de otros genes, incluidos NF1 , BRCA1 , BRCA2 , RB1 y CDK12 .

Los investigadores del TCGA también pudieron identificar patrones de expresión genética que se correlacionaban con la supervivencia del paciente. Definieron cuatro subtipos de cáncer según la expresión genética y los patrones de metilación del ADN: inmunorreactivo, diferenciado, proliferativo y mesenquimal. También identificaron 68 genes como posibles dianas farmacológicas.

Carcinoma colorrectal

TCGA informó sobre la secuencia del exoma, el número de copias de ADN, la metilación del promotor y la caracterización del ARN mensajero de 276 muestras de tumores de cáncer de colon y recto en Nature en julio de 2012. [56] 97 de las muestras también se sometieron a una secuenciación del genoma completo de cobertura ultrabaja.

Los investigadores del TCGA descubrieron el mismo tipo de alteraciones en los tumores de colon y recto, lo que indica que se trata de un único tipo de cáncer. Algunas diferencias, como la hipermetilación, eran evidentes en los tumores originados en el colon derecho. Se descubrió que un subconjunto de los tumores estaba hipermutado; la mayoría de ellos también presentaba una alta inestabilidad de microsatélites. Se encontraron dos docenas de genes significativamente mutados y alteraciones recurrentes en el número de copias. El estudio sugirió nuevos marcadores para el carcinoma colorrectal agresivo y un papel importante para la activación y represión transcripcional dirigida por MYC.

Fase II: Ampliación del TCGA a 33 tipos de cáncer

Impulsados ​​por la Ley de Recuperación y Reinversión Estadounidense de 2009, los NIH ampliaron la cobertura de TCGA para abarcar 20 tipos de cáncer. Esto incluyó un esfuerzo por estudiar cánceres poco comunes, que fue posible gracias al apoyo de pacientes, grupos de apoyo a pacientes y médicos. A partir de 2011, TCGA comenzó a celebrar simposios científicos anuales para analizar y compartir nuevos descubrimientos biológicos sobre el cáncer, métodos analíticos y enfoques translacionales que utilizan los datos.

En diciembre de 2013, TCGA concluyó la recolección de muestras, tras haber enviado y procesado más de 20.000 especímenes. Al finalizar el proyecto, TCGA publicó "documentos de referencia" que describen la caracterización y los análisis básicos de 33 tipos de cáncer. En el caso de varios tipos de cáncer, como el carcinoma urotelial de vejiga y el GBM, se recogieron casos adicionales y se realizó un segundo análisis.

Análisis del atlas de cáncer panamericano

En 2013, TCGA publicó un análisis inicial de Pan-Cancer que describe el "paisaje mutacional" definido como mutaciones recurrentes frecuentemente identificadas a partir de la secuenciación del exoma de 3281 tumores de 12 subtipos de cáncer de aparición común. Los doce subtipos estudiados fueron adenocarcinoma de mama, adenocarcinoma de pulmón , carcinoma de células escamosas de pulmón , carcinoma de endometrio , glioblastoma multiforme , carcinoma de células escamosas de cabeza y cuello, cáncer de colon , cáncer de recto , cáncer de vejiga , carcinoma de células claras de riñón , carcinoma de ovario y leucemia mieloide aguda . [57]

En 2018, la Red de Investigación TCGA publicó lo que colectivamente se conoce como el Atlas Pan-Cáncer: una colección de 35 artículos que resumen el trabajo realizado por TCGA y describen temas generales de la biología del cáncer dilucidados mediante el análisis de todos los datos de TCGA en su conjunto.

Los temas principales son (1) patrones de origen celular, que agrupan y analizan tumores según el sistema biológico o el subtipo histológico; (2) procesos oncogénicos, que consideran los complejos impactos posteriores que las alteraciones pueden tener sobre las vías moleculares y el microambiente, y (3) vías de señalización, que examinan el papel que desempeñan las diferentes vías en diferentes tipos de cáncer y sus posibles vulnerabilidades.

La finalización del Atlas Pan-Cancer marcó el final oficial del TCGA como programa, aunque los datos, métodos de análisis y otros recursos producidos por el TCGA continúan sirviendo como recurso para los investigadores. Por ejemplo, los datos del genoma completo del TCGA se analizaron como parte del Análisis Pan-Cancer de Genomas Completos (PCAWG), un esfuerzo internacional para analizar 2.600 genomas completos de cáncer para comprender las variaciones somáticas y de la línea germinal en las regiones codificantes y no codificantes.

Análisis de regiones no codificantes

Los investigadores del TCGA también se propusieron estudiar sistemáticamente las regiones no codificantes del genoma de múltiples cánceres. El equipo aplicó el ensayo de cromatina accesible a la transposasa mediante secuenciación (ATAC-seq) a 410 muestras tumorales del TCGA que abarcaban 23 cánceres primarios con el fin de obtener información sobre la desregulación genética en el cáncer. ATAC-seq es un método de bajo costo para identificar regiones de cromatina abierta o activa y posiciones de proteínas de unión al ADN.

Gracias a ATAC-seq, los investigadores pudieron identificar decenas de miles de posibles elementos reguladores del ADN específicos de diferentes tipos de cáncer y células. Esto proporcionó información sobre cómo la desregulación genética podría ayudar a impulsar la iniciación y la progresión del cáncer. La comprensión de la accesibilidad de la cromatina a los elementos reguladores específicos de las células inmunitarias conocidos también proporcionó pistas sobre el microambiente inmunitario y la disponibilidad de objetivos de inmunoterapia. El estudio, "El paisaje de la cromatina de los cánceres humanos primarios", se publicó en 2018 en Science . [87]

Véase también

Referencias

  1. ^ "La página de inicio del Atlas del Genoma del Cáncer". NCI y NHGRI . Consultado el 28 de abril de 2009 .
  2. ^ NIH lanza el Proyecto Genoma del Cáncer Washington Post 14 de diciembre de 2005
  3. ^ Daniela S. Gerhard (27 de mayo de 2008). "TCGA Moving Molecular Oncology Forward". Boletín del NCI sobre el cáncer, actualización del director . Instituto Nacional del Cáncer . Consultado el 27 de agosto de 2009 .
  4. ^ "Cáncers seleccionados para estudio". Atlas del genoma del cáncer – Instituto Nacional del Cáncer . Consultado el 2 de noviembre de 2015 .
  5. ^ "Proyectos de caracterización de tumores raros". Atlas del genoma del cáncer – Instituto Nacional del Cáncer . Consultado el 2 de noviembre de 2015 .
  6. ^ McLendon, R.; Friedman, Allan; Bigner, Darrell; Van Meir, Erwin G.; Brat, Daniel J.; M. Mastrogianakis, Gena; Olson, Jeffrey J.; Mikkelsen, Tom; et al. (23 de octubre de 2008). "La caracterización genómica integral define los genes y las vías principales del glioblastoma humano". Nature . 455 (7216): 1061–1068. Bibcode :2008Natur.455.1061M. doi :10.1038/nature07385. PMC 2671642 . PMID  18772890. 
  7. ^ "Ganador de los Sammies 2015: Premio del público". Medallas de servicio a Estados Unidos . Consultado el 15 de octubre de 2015 .
  8. ^ The Cancer Genome Atlas Research Network (23 de octubre de 2008). "La caracterización genómica integral define los genes y las vías principales del glioblastoma humano". Nature . 455 (7216): 1061–1068. Bibcode :2008Natur.455.1061M. doi :10.1038/nature07385. ISSN  0028-0836. PMC 2671642 . PMID  18772890. 
  9. ^ "Historia y cronología". Atlas del genoma del cáncer – Instituto Nacional del Cáncer . Consultado el 2 de noviembre de 2015 .
  10. ^ "Proceso de caracterización genómica del NCI". 4 de agosto de 2017.
  11. ^ "El portal de datos del Atlas del genoma del cáncer: recurso básico sobre bioespecímenes". NCI y NHGRI . Consultado el 24 de enero de 2014 .
  12. ^ "Inicio | NCI Genomic Data Commons". gdc.cancer.gov .
  13. ^ Moiso, E.; Farahani, A.; Marble, HD; Hendricks, A.; Mildrum, S.; Levine, S.; Lennerz, JK; Garg, S. (5 de septiembre de 2022). "Un nuevo enfoque de aprendizaje profundo desarrollado en el MIT identifica cánceres no diagnosticables al observar más de cerca los programas de expresión genética relacionados con el desarrollo y la diferenciación celular temprana". Descubrimiento del cáncer . 12 (11): 2566–2585. doi :10.1158/2159-8290.CD-21-1443. PMC 9627133 . PMID  36041084. 
  14. ^ Verhaak, Roel GW; Hoadley, Katherine A.; Purdom, Elizabeth; Wang, Victoria; Qi, Yuan; Wilkerson, Matthew D.; Miller, C. Ryan; Ding, Li ; Golub, Todd (19 de enero de 2010). "Un análisis genómico integrado identifica subtipos clínicamente relevantes de glioblastoma caracterizados por anomalías en PDGFRA, IDH1, EGFR y NF1". Cancer Cell . 17 (1): 98–110. doi :10.1016/j.ccr.2009.12.020. ISSN  1535-6108. PMC 2818769 . PMID  20129251. 
  15. ^ Brennan, Cameron W.; Verhaak, Roel GW; McKenna, Aaron; Campos, Benito; Noushmehr, Houtan; Salama, Sofie R.; Zheng, Siyuan; Chakravarty, Debyani; Sanborn, J. Zachary (10 de octubre de 2013). "El paisaje genómico somático del glioblastoma". Cell . 155 (2): 462–477. doi :10.1016/j.cell.2013.09.034. ISSN  1097-4172. PMC 3910500 . PMID  24120142. 
  16. ^ McLendon, Roger; Friedman, Allan; Bigner, Darrell; Meir, Erwin G. Van; Brat, Daniel J.; Mastrogianakis, Gena M.; Olson, Jeffrey J.; Mikkelsen, Tom; Lehman, Norman (23 de octubre de 2008). "La caracterización genómica integral define los genes y las vías principales del glioblastoma humano". Nature . 455 (7216): 1061–1068. Bibcode :2008Natur.455.1061M. doi :10.1038/nature07385. ISSN  0028-0836. PMC 2671642 . PMID  18772890. 
  17. ^ Red de investigación del Atlas del genoma del cáncer; Mocoso, DJ; Verhaak, RG; Aldape, KD; Yung, WK; Salamá, SR; Cooper, Luisiana; Rheinbay, E.; Molinero, CR; Vitucci, M.; Morozova, O.; Robertson, AG; Noushmehr, H.; Laird, PW; Cherniack, AD; Akbani, R.; Huse, JT; Ciriello, G.; Poisson, LM; Barnholtz-Sloan, JS; Berger, MS; Brennan, C.; Colen, RR; Colman, H.; Flandes, AE; Giannini, C.; Grifford, M.; Iavarone, A.; Jain, R.; et al. (25 de junio de 2015). "Análisis genómico integral e integrador de gliomas difusos de grado inferior". Revista de Medicina de Nueva Inglaterra . 372 (26): 2481–2498. doi :10.1056/NEJMoa1402121. ISSN  0028-4793. PMC 4530011. PMID  26061751 . 
  18. ^ ab Network, Atlas del genoma del cáncer (4 de octubre de 2012). "Retratos moleculares completos de tumores de mama humanos". Nature . 490 (7418): 61–70. Bibcode :2012Natur.490...61T. doi :10.1038/nature11412. ISSN  0028-0836. PMC 3465532 . PMID  23000897. 
  19. ^ Ciriello, Giovanni; Gatza, Michael L.; Beck, Andrew H.; Wilkerson, Matthew D.; Rhie, Suhn K.; Pastore, Alessandro; Zhang, Hailei; McLellan, Michael; Yau, Christina (10 de agosto de 2015). "Retratos moleculares completos del cáncer de mama lobulillar invasivo". Cell . 163 (2): 506–519. doi :10.1016/j.cell.2015.09.033. ISSN  0092-8674. PMC 4603750 . PMID  26451490. 
  20. ^ Network, Atlas del genoma del cáncer (19 de julio de 2012). "Caracterización molecular integral del cáncer de colon y recto en humanos". Nature . 487 (7407): 330–337. Bibcode :2012Natur.487..330T. doi :10.1038/nature11252. ISSN  0028-0836. PMC 3401966 . PMID  22810696. 
  21. ^ Bass, Adam J.; Thorsson, Vesteinn; Shmulevich, Ilya; Reynolds, Sheila M.; Miller, Michael; Bernard, Brady; Hinoue, Toshinori; Laird, Peter W.; Curtis, Christina (23 de julio de 2014). "Caracterización molecular integral del adenocarcinoma gástrico". Nature . 513 (7517): 202–209. Bibcode :2014Natur.513..202T. doi :10.1038/nature13480. PMC 4170219 . PMID  25079317. 
  22. ^ Kim, Jihun; Bowlby, Reanne; Mungall, Andrew J.; Robertson, A. Gordon; Odze, Robert D.; Cherniack, Andrew D.; Shih, Juliann; Pedamallu, Chandra Sekhar; Cibulskis, Carrie (4 de enero de 2017). "Caracterización genómica integrada del carcinoma esofágico". Nature . 541 (7636): 169–175. Bibcode :2017Natur.541..169K. doi :10.1038/nature20805. ISSN  1476-4687. PMC 5651175 . PMID  28052061. 
  23. ^ Campana, D.; Berchuck, A.; Birrer, M.; Chien, J.; Cramer, DW; Dao, F.; Dhir, R.; Disaia, P.; Gabra, H.; Glenn, P.; Godwin, Alaska; Bruto, J.; Hartmann, L.; Huang, M.; Cazador, director general; Iacocca, M.; Imielinski, M.; Kalloger, S.; Karlan, POR; Levine, DA; Molinos, GB; Morrison, C.; Mutch, D.; Olvera, N.; Orsulic, S.; Parque, K.; Petrelli, N.; Rabeno, B.; Rader, JS; et al. (29 de junio de 2011). "Análisis genómicos integrados del carcinoma de ovario". Naturaleza . 474 (7353): 609–615. doi :10.1038/nature10166. ISSN  0028-0836. PMC 3163504. PMID 21720365  . 
  24. ^ Bolton, Kelly L.; Chenevix-Trench, G.; Goh, C.; Sadetzki, S.; Ramus, SJ; Karlan, POR; Lambrechts, D.; Despierre, E.; Barrowdale, D.; McGuffog, L.; Healey, S.; Easton, DF; Sinilnikova, O.; Benítez, J.; García, MJ; Neuhausen, S.; Gail, MH; Hartge, P.; Peock, S.; Escarcha, D.; Evans, director general; Eeles, R.; Godwin, Alaska; Daly, MB; Kwong, A.; Mamá, ES; Lázaro, C.; Blanco, I.; Montagna, M.; et al. (25 de enero de 2012). "Asociación entre mutaciones brca1 y brca2 y supervivencia en mujeres con cáncer de ovario epitelial invasivo". JAMA . 307 (4): 382–389. doi :10.1001/jama.2012.20. ISSN  0098-7484. PMC 3727895 . PMID  22274685. 
  25. ^ Network, The Cancer Genome Atlas Research (2013-05-02). "Caracterización genómica integrada del carcinoma endometrial". Nature . 497 (7447): 67–73. Bibcode :2013Natur.497...67T. doi :10.1038/nature12113. ISSN  0028-0836. PMC 3704730 . PMID  23636398. 
  26. ^ Cancer Genome Atlas Research Network; Albert Einstein College of Medicine; Analytical Biological Services; Barretos Cancer Hospital; Baylor College of Medicine; Beckman Research Institute of City of Hope; Buck Institute for Research on Aging; Canada's Michael Smith Genome Sciences Centre; Harvard Medical School (16 de marzo de 2017). "Caracterización genómica y molecular integrada del cáncer de cuello uterino". Nature . 543 (7645): 378–384. Bibcode :2017Natur.543..378B. doi :10.1038/nature21386. ISSN  1476-4687. PMC 5354998 . PMID  28112728. 
  27. ^ The Cancer Genome Atlas Network; et al. (2015-01-29). "Caracterización genómica integral de carcinomas de células escamosas de cabeza y cuello". Nature . 517 (7536): 576–582. Bibcode :2015Natur.517..576T. doi :10.1038/nature14129. ISSN  0028-0836. PMC 4311405 . PMID  25631445. 
  28. ^ Agrawal, Nishant; Akbani, Rehan; Aksoy, B. Arman; Ally, Adrian; Arachchi, Harindra; Asa, Sylvia L.; Auman, J. Todd; Balasundaram, Miruna; Balu, Saianand (2014). "Caracterización genómica integrada del carcinoma papilar de tiroides". Cell . 159 (3): 676–690. doi :10.1016/j.cell.2014.09.050. ISSN  0092-8674. PMC 4243044 . PMID  25417114. 
  29. ^ Cancer Genome Atlas Research Network; Ley, Timothy J.; Miller, Christopher; Ding, Li ; Raphael, Benjamin J.; Mungall, Andrew J.; Robertson, A. Gordon; Hoadley, Katherine; Triche, Timothy J. (30 de mayo de 2013). "Paisajes genómicos y epigenómicos de la leucemia mieloide aguda de novo en adultos". The New England Journal of Medicine . 368 (22): 2059–2074. doi :10.1056/NEJMoa1301689. ISSN  1533-4406. PMC 3767041 . PMID  23634996. 
  30. ^ Cancer Genome Atlas Network (18 de junio de 2015). "Clasificación genómica del melanoma cutáneo". Cell . 161 (7): 1681–1696. doi :10.1016/j.cell.2015.05.044. ISSN  1097-4172. PMC 4580370 . PMID  26091043. 
  31. ^ Collisson, Eric A.; Campbell, Joshua D.; Brooks, Angela N.; Berger, Alice H.; Lee, William; Chmielecki, Juliann; Beer, David G.; Cope, Leslie; Creighton, Chad J.; Danilova, Ludmila; Ding, Li; Getz, Gad; Hammerman, Peter S.; Neil Hayes, D.; Hernandez, Bryan; Herman, James G.; Heymach, John V.; Jurisica, Igor; Kucherlapati, Raju; Kwiatkowski, David; Ladanyi, Marc; Robertson, Gordon; Schultz, Nikolaus; Shen, Ronglai; Sinha, Rileen; Sougnez, Carrie; Tsao, Ming-Sound; Travis, William D.; Weinstein, John N.; et al. (31 de julio de 2014). "Perfil molecular integral del adenocarcinoma de pulmón". Nature . 511 (7511): 543–550. Código Bibliográfico :2014Natur.511..543T. doi :10.1038/nature13385. ISSN  0028-0836. PMC 4231481 . PMID  25079552. 
  32. ^ Network, The Cancer Genome Atlas Research (2012-09-27). "Caracterización genómica integral de los cánceres de pulmón de células escamosas". Nature . 489 (7417): 519–525. Bibcode :2012Natur.489..519T. doi :10.1038/nature11404. ISSN  0028-0836. PMC 3466113 . PMID  22960745. 
  33. ^ Cancer Genome Atlas Research Network (4 de julio de 2013). "Caracterización molecular integral del carcinoma renal de células claras". Nature . 499 (7456): 43–49. Bibcode :2013Natur.499...43T. doi :10.1038/nature12222. ISSN  0028-0836. PMC 3771322 . PMID  23792563. 
  34. ^ Red de investigación del Atlas del genoma del cáncer; Linehan, W. Marston; Spellman, Paul T.; Ricketts, Christopher J.; Creighton, Chad J.; Fei, Suzanne S.; Davis, Caleb; Wheeler, David A.; Murray, Bradley A. (14 de enero de 2016). "Caracterización molecular integral del carcinoma papilar de células renales". The New England Journal of Medicine . 374 (2): 135–145. doi :10.1056/NEJMoa1505917. ISSN  1533-4406. PMC 4775252 . PMID  26536169. 
  35. ^ Cancer Genome Atlas Research Network (2014-03-20). "Caracterización molecular integral del carcinoma urotelial de vejiga". Nature . 507 (7492): 315–322. Bibcode :2014Natur.507..315T. doi :10.1038/nature12965. ISSN  0028-0836. PMC 3962515 . PMID  24476821. 
  36. ^ Cancer Genome Atlas Research Network (5 de noviembre de 2015). "La taxonomía molecular del cáncer de próstata primario". Cell . 163 (4): 1011–1025. doi :10.1016/j.cell.2015.10.025. ISSN  1097-4172. PMC 4695400 . PMID  26544944. 
  37. ^ Davis, Caleb F.; Ricketts, Christopher J.; Wang, Min; Yang, Lixing; Cherniack, Andrew D.; Shen, Hui; Buhay, Christian; Kang, Hyojin; Kim, Sang Cheol (8 de septiembre de 2014). "El panorama genómico somático del carcinoma de células renales cromófobo". Cancer Cell . 26 (3): 319–330. doi :10.1016/j.ccr.2014.07.014. PMC 4160352 . PMID  25155756. 
  38. ^ Zheng, Siyuan; Cherniack, Andrew D.; Dewal, Ninad; Moffitt, Richard A.; Danilova, Ludmila; Murray, Bradley A.; Lerario, Antonio M.; Si no, Tobías; Knijnenburg, Theo A. (9 de mayo de 2016). "Caracterización pangenómica integral del carcinoma suprarrenocortical". Célula cancerosa . 29 (5): 723–736. doi :10.1016/j.ccell.2016.04.002. ISSN  1878-3686. PMC 4864952 . PMID  27165744. 
  39. ^ Fishbein, Lauren; Leshchiner, Ignaty; Walter, Vonn; Danilova, Ludmila; Robertson, A. Gordon; Johnson, Amy R.; Lichtenberg, Tara M.; Murray, Bradley A.; Ghayee, Hans K. (13 de febrero de 2017). "Caracterización molecular integral del feocromocitoma y el paraganglioma". Cancer Cell . 31 (2): 181–193. doi :10.1016/j.ccell.2017.01.001. ISSN  1878-3686. PMC 5643159 . PMID  28162975. 
  40. ^ Farshidfar, Farshad; Zheng, Siyuan; Gingras, Marie-Claude; Newton, Yulia; Shih, Juliann; Robertson, A. Gordon; Hinoue, Toshinori; Hoadley, Katherine A.; Gibb, Ewan A. (14 de marzo de 2017). "El análisis genómico integrativo del colangiocarcinoma identifica distintos perfiles moleculares de mutantes de IDH". Cell Reports . 18 (11): 2780–2794. doi :10.1016/j.celrep.2017.02.033. ISSN  2211-1247. PMC 5493145 . PMID  28297679. 
  41. ^ Cancer Genome Atlas Research Network. Dirección electrónica: [email protected]; Cancer Genome Atlas Research Network (15 de junio de 2017). "Caracterización genómica integral y completa del carcinoma hepatocelular". Cell . 169 (7): 1327–1341.e23. doi :10.1016/j.cell.2017.05.046. ISSN  1097-4172. PMC 5680778 . PMID  28622513. 
  42. ^ Cancer Genome Atlas Research Network. Dirección electrónica: [email protected]; Cancer Genome Atlas Research Network (2017-08-14). "Caracterización genómica integrada del adenocarcinoma ductal pancreático". Cancer Cell . 32 (2): 185–203.e13. doi :10.1016/j.ccell.2017.07.007. ISSN  1878-3686. PMC 5964983 . PMID  28810144. 
  43. ^ Cherniack, Andrew D.; Shen, Hui; Walter, Vonn; Stewart, chip; Murray, Bradley A.; Bowlby, Reanne; Hu, Xin; Ling, Shiyun; Soslow, Robert A. (13 de marzo de 2017). "Caracterización molecular integrada del carcinosarcoma uterino". Célula cancerosa . 31 (3): 411–423. doi :10.1016/j.ccell.2017.02.010. ISSN  1878-3686. PMC 5599133 . PMID  28292439. 
  44. ^ Robertson, A. Gordon; Shih, Juliann; Yau, Christina; Gibb, Ewan A.; Oba, Junna; Mungall, Karen L.; Hess, Julian M.; Uzunangelov, Vladislav; Walter, Vonn (14 de agosto de 2017). "El análisis integrativo identifica cuatro subconjuntos moleculares y clínicos en el melanoma uveal". Cancer Cell . 32 (2): 204–220.e15. doi :10.1016/j.ccell.2017.07.003. ISSN  1878-3686. PMC 5619925 . PMID  28810145. 
  45. ^ Radovich, Milan; Pickering, Curtis R.; Felau, Ina; Ha, Gavin; Zhang, Hailei; Jo, Heejoon; Hoadley, Katherine A.; Anur, Pavana; Zhang, Jiexin; McLellan, Mike; Bowlby, Reanne (febrero de 2018). "El panorama genómico integrado de los tumores epiteliales tímicos". Cancer Cell . 33 (2): 244–258.e10. doi :10.1016/j.ccell.2018.01.003. ISSN  1535-6108. PMC 5994906 . PMID  29438696. 
  46. ^ Cancer Genome Atlas Research Network. Dirección electrónica: [email protected]; Cancer Genome Atlas Research Network (2017-11-02). "Caracterización genómica integral y completa de los sarcomas de tejidos blandos en adultos". Cell . 171 (4): 950–965.e28. doi :10.1016/j.cell.2017.10.014. ISSN  1097-4172. PMC 5693358 . PMID  29100075. 
  47. ^ Hmeljak, Julija; Sanchez-Vega, Francisco; Hoadley, Katherine A.; Shih, Juliann; Stewart, Chip; Heiman, David; Tarpey, Patrick; Danilova, Ludmila; Drill, Esther; Gibb, Ewan A.; Bowlby, Reanne (3 de diciembre de 2018). "Caracterización molecular integrativa del mesotelioma pleural maligno". Cancer Discovery . 8 (12): 1548–1565. doi :10.1158/2159-8290.CD-18-0804. ISSN  2159-8274. PMC 6310008 . PMID  30322867. 
  48. ^ Shen, Hui; Shih, Juliann; Hollern, Daniel P.; Wang, Linghua; Bowlby, Reanne; Tickoo, Satish K.; Thorsson, Vésteinn; Mungall, Andrew J.; Newton, Yulia; Hegde, Apurva M.; Armenia, Joshua (12 de junio de 2018). "Caracterización molecular integrada de tumores de células germinales testiculares". Cell Reports . 23 (11): 3392–3406. doi :10.1016/j.celrep.2018.05.039. ISSN  2211-1247. PMC 6075738 . PMID  29898407. 
  49. ^ McLendon, Roger; Friedman, Allan; Más grande, Darrell; Van Meir, Erwin G.; Mocoso, Daniel J.; metro. Mastrogianakis, Gena; Olson, Jeffrey J.; Mikkelsen, Tom; Lehman, normando; Aldape, Ken; Alfred Yung, WK; Bogler, Oliver; Vandenberg, Scott; Berger, Mitchel; Prados, Miguel; Muzny, Donna; Morgan, Margarita; Scherer, Steve; Sabo, Aniko; Nazaret, Lynn; Luis, Lora; Salón, Otis; Zhu, Yiming; Ren, Yanru; Alvi, Omar; Yao, Jiqiang; Hawes, Alicia; Jhangiani, Shalini; Fowler, Gerald; et al. (octubre de 2008). "La caracterización genómica integral define los genes y las vías centrales del glioblastoma humano". Naturaleza . 455 (7216): 1061–8. Código Bibliográfico : 2008Natur.455.1061M. doi :10.1038/nature07385. PMC 2671642. PMID  18772890 . 
  50. ^ "El portal de datos del Atlas del genoma del cáncer". NCI y NHGRI . Consultado el 28 de abril de 2009 .
  51. ^ "El portal de datos del Atlas del genoma del cáncer". Instituto Nacional de Salud . Consultado el 2 de noviembre de 2010 .
  52. ^ Verhaak, Roel GW; Hoadley, Katherine A.; Purdom, Elizabeth; Wang, Victoria; Qi, Yuan; Wilkerson, Matthew D.; Miller, C. Ryan; Ding, Li; Golub, Todd; Mesirov, Jill P .; Alexe, Gabriele; Lawrence, Michael; O'Kelly, Michael; Tamayo, Pablo; Weir, Barbara A.; Gabriel, Stacey; Winckler, Wendy; Gupta, Supriya; Jakkula, Lakshmi; Feiler, Heidi S.; Hodgson, J. Graeme; James, C. David; Sarkaria, Jann N.; Brennan, Cameron; Kahn, Ari; Spellman, Paul T.; Wilson, Richard K .; Speed, Terence P .; Gray, Joe W.; Meyerson, Matthew; Getz, Gad; Perou, Charles M.; Hayes, D. Neil (2010). "El análisis genómico integrado identifica subtipos clínicamente relevantes de glioblastoma caracterizados por anomalías en PDGFRA, IDH1, EGFR y NF1". Cancer Cell . 17 (1): 98–110. doi :10.1016/j.ccr.2009.12.020. PMC 2818769 . PMID  20129251. 
  53. ^ Noushmehr H; Weisenberger DJ; Diefes K; et al. (mayo de 2010). "Identificación de un fenotipo metilador de isla CpG que define un subgrupo distinto de gliomas". Cancer Cell . 17 (5): 510–22. doi :10.1016/j.ccr.2010.03.017. PMC 2872684 . PMID  20399149. 
  54. ^ "Subtipo de glioma con pronóstico menos grave" . Consultado el 6 de marzo de 2011 .
  55. ^ Campana, D.; Berchuck, A.; Birrer, M.; Chien, J.; Cramer, DW; Dao, F.; Dhir, R.; Disaia, P.; Gabra, H.; Glenn, P.; Godwin, Alaska; Bruto, J.; Hartmann, L.; Huang, M.; Cazador, director general; Iacocca, M.; Imielinski, M.; Kalloger, S.; Karlan, POR; Levine, DA; Molinos, GB; Morrison, C.; Mutch, D.; Olvera, N.; Orsulic, S.; Parque, K.; Petrelli, N.; Rabeno, B.; Rader, JS; et al. (2011). "Análisis genómicos integrados del carcinoma de ovario". Naturaleza . 474 (7353): 609–15. doi :10.1038/nature10166. PMC 3163504. PMID 21720365  . 
  56. ^ The Cancer Genome Atlas Network; et al. (2012). "Caracterización molecular integral del cáncer de colon y recto en humanos". Nature . 487 (7407): 330–7. Bibcode :2012Natur.487..330T. doi :10.1038/nature11252. PMC 3401966 . PMID  22810696. 
  57. ^ Kandoth C, McLellan MD, Vandin F, Ye K, Niu B, Lu C, Xie M, Zhang Q, McMichael JF, Wyczalkowski MA, Leiserson MD, Miller CA, Welch JS, Walter MJ, Wendl MC , Ley TJ , Wilson RK , Raphael BJ, Ding L (2013). "Paisaje mutacional y significado en 12 tipos principales de cáncer". Nature . 502 (7471): 333–9. Bibcode :2013Natur.502..333K. doi :10.1038/nature12634. PMC 3927368 . PMID  24132290. 
  58. ^ Hoadley, Katherine A.; Yau, Cristina; Hinoue, Toshinori; Lobo, Denise M.; Lazar, Alejandro J.; Taladro, Esther; Shen, Ronglai; Taylor, Alison M.; Cherniack, Andrew D.; Thorsson, Vésteinn; Akbani, Rehan (5 de abril de 2018). "Los patrones de origen celular dominan la clasificación molecular de 10.000 tumores de 33 tipos de cáncer". Celúla . 173 (2): 291–304.e6. doi :10.1016/j.cell.2018.03.022. ISSN  1097-4172. PMC 5957518 . PMID  29625048. 
  59. ^ Malta, Tathiane M.; Sokolov, Artem; Caballeros, Andrew J.; Burzykowski, Tomasz; Poisson, Laila; Weinstein, John N.; Kamińska, Bożena; Huelsken, Jörg; Omberg, Larsson; Gevaert, Olivier; Colaprico, Antonio (5 de abril de 2018). "El aprendizaje automático identifica características de tallo asociadas con la desdiferenciación oncogénica". Celúla . 173 (2): 338–354.e15. doi :10.1016/j.cell.2018.03.034. ISSN  1097-4172. PMC 5902191 . PMID  29625051. 
  60. ^ Berger, Ashton C.; Korkut, Anil; Kanchi, Rupa S.; Hegde, Apurva M.; Lenoir, Walter; Liu, Wenbin; Liu, Yuexin; Fan, Huihui; Shen, Hui; Ravikumar, Visweswaran; Rao, Arvind (9 de abril de 2018). "Un estudio molecular pan-cáncer integral de cánceres ginecológicos y de mama". Cancer Cell . 33 (4): 690–705.e9. doi :10.1016/j.ccell.2018.03.014. ISSN  1878-3686. PMC 5959730 . PMID  29622464. 
  61. ^ Liu, Yang; Sethi, Nilay S.; Hinoue, Toshinori; Schneider, Bárbara G.; Cherniack, Andrew D.; Sánchez-Vega, Francisco; Seoane, José A.; Farshidfar, Farshad; Bowlby, Reanne; Islam, Miraazul; Kim, Jaegil (9 de abril de 2018). "Análisis molecular comparativo de adenocarcinomas gastrointestinales". Célula cancerosa . 33 (4): 721–735.e8. doi :10.1016/j.ccell.2018.03.010. ISSN  1878-3686. PMC 5966039 . PMID  29622466. 
  62. ^ Campbell, Joshua D.; Yau, Christina; Bowlby, Reanne; Liu, Yuexin; Brennan, Kevin; Fan, Huihui; Taylor, Alison M.; Wang, Chen; Walter, Vonn; Akbani, Rehan; Byers, Lauren Averett (3 de abril de 2018). "Características genómicas, de red de vías y inmunológicas que distinguen los carcinomas escamosos". Cell Reports . 23 (1): 194–212.e6. doi :10.1016/j.celrep.2018.03.063. ISSN  2211-1247. PMC 6002769 . PMID  29617660. 
  63. ^ Ricketts, Christopher J.; De Cubas, Aguirre A.; Fan, Huihui; Smith, Christof C.; Lang, Martin; Reznik, Ed; Bowlby, Reanne; Gibb, Ewan A.; Akbani, Rehan; Beroukhim, Rameen; Bottaro, Donald P. (3 de abril de 2018). "Atlas del genoma del cáncer: caracterización molecular integral del carcinoma de células renales". Cell Reports . 23 (1): 313–326.e5. doi :10.1016/j.celrep.2018.03.075. ISSN  2211-1247. PMC 6075733 . PMID  29617669. 
  64. ^ Ding, Li ; Bailey, Matthew H.; Porta-Pardo, Eduard; Thorsson, Vesteinn; Colaprico, Antonio; Bertrand, Denis; Gibbs, David L.; Weerasinghe, Amila; Huang, Kuan-Lin; Tokheim, Collin; Cortés-Ciriano, Isidro (5 de abril de 2018). "Perspectiva sobre los procesos oncogénicos al final del comienzo de la genómica del cáncer". Cell . 173 (2): 305–320.e10. doi :10.1016/j.cell.2018.03.033. ISSN  1097-4172. PMC 5916814 . PMID  29625049. 
  65. ^ Huang, Kuan-Lin; Mashl, R. Jay; Wu, Yige; Ritter, Débora I.; Wang, Jiayin; Ah, Clara; Paczkowska, Marta; Reynolds, Sheila; Wyczalkowski, Mateo A.; Roble, Ninad; Scott, Adam D. (5 de abril de 2018). "Variantes patógenas de la línea germinal en 10.389 cánceres en adultos". Celúla . 173 (2): 355–370.e14. doi :10.1016/j.cell.2018.03.039. ISSN  1097-4172. PMC 5949147 . PMID  29625052. 
  66. ^ Bailey, Matthew H.; Tokheim, Collin; Porta-Pardo, Eduard; Sengupta, Sohini; Bertrand, Denis; Weerasinghe, Amila; Colaprico, Antonio; Wendl, Michael C.; Kim, Jaegil; Reardon, Brendan; Ng, Patrick Kwok-Shing (5 de abril de 2018). "Caracterización integral de genes y mutaciones impulsores del cáncer". Cell . 173 (2): 371–385.e18. doi :10.1016/j.cell.2018.02.060. ISSN  1097-4172. PMC 6029450 . PMID  29625053. 
  67. ^ Gao, Qingsong; Liang, Wen-Wei; Foltz, Steven M.; Mutharasu, Gnanavel; Jayasinghe, Reyka G.; Cao, Song; Liao, Wen-Wei; Reynolds, Sheila M.; Wyczalkowski, Matthew A.; Yao, Lijun; Yu, Lihua (3 de abril de 2018). "Fusiones de controladores y sus implicaciones en el desarrollo y tratamiento de cánceres humanos". Cell Reports . 23 (1): 227–238.e3. doi :10.1016/j.celrep.2018.03.050. ISSN  2211-1247. PMC 5916809 . PMID  29617662. 
  68. ^ Thorsson, Vésteinn; Gibbs, David L.; Marrón, Scott D.; Lobo, Denise; Bortone, Dante S.; Ou Yang, Tai-Hsien; Porta-Pardo, Eduard; Gao, Galeno F.; Plaisier, Christopher L.; Eddy, James A.; Ziv, Elad (17 de abril de 2018). "El panorama inmunológico del cáncer". Inmunidad . 48 (4): 812–830.e14. doi :10.1016/j.immuni.2018.03.023. ISSN  1097-4180. PMC 5982584 . PMID  29628290. 
  69. ^ Saltz, Joel; Gupta, Rajarsi; Hou, Le; Kurc, Tahsin; Singh, Pankaj; Nguyen, Vu; Samaras, Dimitris; Shroyer, Kenneth R.; Zhao, Tianhao; Batiste, Rebecca; Van Arnam, John (3 de abril de 2018). "Organización espacial y correlación molecular de linfocitos infiltrantes de tumores mediante aprendizaje profundo en imágenes patológicas". Cell Reports . 23 (1): 181–193.e7. doi :10.1016/j.celrep.2018.03.086. ISSN  2211-1247. PMC 5943714 . PMID  29617659. 
  70. ^ Taylor, Alison M.; Shih, Juliann; Ha, Gavin; Gao, Galen F.; Zhang, Xiaoyang; Berger, Ashton C.; Schumacher, Steven E.; Wang, Chen; Hu, Hai; Liu, Jianfang; Lazar, Alexander J. (9 de abril de 2018). "Enfoques genómicos y funcionales para comprender la aneuploidía del cáncer". Cancer Cell . 33 (4): 676–689.e3. doi :10.1016/j.ccell.2018.03.007. ISSN  1878-3686. PMC 6028190 . PMID  29622463. 
  71. ^ Chen, Han; Li, Chunyan; Peng, Xinxin; Zhou, Zhicheng; Weinstein, John N.; Red de investigación del Atlas del genoma del cáncer; Liang, Han (5 de abril de 2018). "Un análisis pan-cáncer de la expresión de potenciadores en casi 9000 muestras de pacientes". Cell . 173 (2): 386–399.e12. doi :10.1016/j.cell.2018.03.027. ISSN  1097-4172. PMC 5890960 . PMID  29625054. 
  72. ^ Wang, Zehua; Yang, Bo; Zhang, Min; Guo, Weiwei; Wu, Zhiyuan; Wang, Yue; Jia, Lin; Li, Song; Red de investigación del Atlas del genoma del cáncer; Xie, Wen; Yang, Da (9 de abril de 2018). "El análisis del panorama epigenético del lncRNA identifica a EPIC1 como un lncRNA oncogénico que interactúa con MYC y promueve la progresión del ciclo celular en el cáncer". Cancer Cell . 33 (4): 706–720.e9. doi :10.1016/j.ccell.2018.03.006. ISSN  1878-3686. PMC 6143179 . PMID  29622465. 
  73. ^ Chiu, Hua-Sheng; Somvanshi, Sonal; Patel, Ektaben; Chen, Ting-Wen; Singh, Vivek P.; Zorman, Barry; Patil, Sagar L.; Pan, Yinghong; Chatterjee, Sujash S.; Cancer Genome Atlas Research Network; Sood, Anil K. (3 de abril de 2018). "El análisis pan-cáncer de la regulación del lncRNA respalda su selección de genes del cáncer en cada contexto tumoral". Cell Reports . 23 (1): 297–312.e12. doi :10.1016/j.celrep.2018.03.064. ISSN  2211-1247. PMC 5906131 . PMID  29617668. 
  74. ^ Jayasinghe, Reyka G.; Cao, canción; Gao, Qingsong; Wendl, Michael C.; Vo, Nam Sy; Reynolds, Sheila M.; Zhao, Yanyan; Climente-González, Héctor; Chai, Shengjie; Wang, colmillo; Varghese, Rajees (3 de abril de 2018). "Análisis sistemático de mutaciones creadoras de sitios de empalme en el cáncer". Informes celulares . 23 (1): 270–281.e3. doi :10.1016/j.celrep.2018.03.052. ISSN  2211-1247. PMC 6055527 . PMID  29617666. 
  75. ^ Ellrott, Kyle; Bailey, Matthew H.; Saksena, Gordon; Covington, Kyle R.; Kandoth, Cyriac; Stewart, Chip; Hess, Julian; Ma, Singer; Chiotti, Kami E.; McLellan, Michael; Sofia, Heidi J. (28 de marzo de 2018). "Enfoque científico abierto escalable para la identificación de mutaciones de exomas tumorales utilizando múltiples canales genómicos". Cell Systems . 6 (3): 271–281.e7. doi :10.1016/j.cels.2018.03.002. ISSN  2405-4712. PMC 6075717 . PMID  29596782. 
  76. ^ Liu, Jianfang; Lichtenberg, Tara; Hoadley, Katherine A.; Poisson, Laila M.; Lazar, Alexander J.; Cherniack, Andrew D.; Kovatich, Albert J.; Benz, Christopher C.; Levine, Douglas A.; Lee, Adrian V.; Omberg, Larsson (5 de abril de 2018). "Un recurso integrado de datos clínicos de TCGA sobre todo el cáncer para impulsar análisis de resultados de supervivencia de alta calidad". Cell . 173 (2): 400–416.e11. doi :10.1016/j.cell.2018.02.052. ISSN  1097-4172. PMC 6066282 . PMID  29625055. 
  77. ^ Kahles, André; Lehmann, Kjong-Van; Toussaint, Nora C.; Hüser, Matthias; Stark, Stefan G.; Sachsenberg, Timo; Stegle, Oliver; Kohlbacher, Oliver; Sander, Chris; Cancer Genome Atlas Research Network; Rätsch, Gunnar (13 de agosto de 2018). "Análisis exhaustivo del empalme alternativo en tumores de 8705 pacientes". Cancer Cell . 34 (2): 211–224.e6. doi : 10.1016/j.ccell.2018.07.001 . ISSN  1878-3686. PMC 9844097 . PMID  30078747. S2CID  51923069. 
  78. ^ Sánchez-Vega, Francisco; Mina, Marco; Armenia, Josué; Chatila, Walid K.; Luna, Agustín; La, Konnor C.; Dimitriadoy, Sofía; Liu, David L.; Kantheti, Havish S.; Saghafinia, Sadegh; Chakravarty, Debyani (5 de abril de 2018). "Vías de señalización oncogénica en el atlas del genoma del cáncer". Celúla . 173 (2): 321–337.e10. doi :10.1016/j.cell.2018.03.035. ISSN  1097-4172. PMC 6070353 . PMID  29625050. 
  79. ^ Schaub, Franz X.; Dhankani, Varsha; Berger, Ashton C.; Trivedi, Mihir; Richardson, Anne B.; Shaw, Reid; Zhao, Wei; Zhang, Xiaoyang; Ventura, Andrea; Liu, Yuexin; Ayer, Donald E. (28 de marzo de 2018). "Alteraciones pan-cáncer del oncogén MYC y su red proximal en el Atlas del genoma del cáncer". Cell Systems . 6 (3): 282–300.e2. doi :10.1016/j.cels.2018.03.003. ISSN  2405-4712. PMC 5892207 . PMID  29596783. 
  80. ^ Camino, Gregory P.; Sánchez-Vega, Francisco; La, Konnor; Armenia, Josué; Chatila, Walid K.; Luna, Agustín; Lijadora, Chris; Cherniack, Andrew D.; Mina, Marco; Ciriello, Giovanni; Schultz, Nikolaus (3 de abril de 2018). "El aprendizaje automático detecta la activación de la vía Ras pancancerosa en el atlas del genoma del cáncer". Informes celulares . 23 (1): 172–180.e3. doi :10.1016/j.celrep.2018.03.046. ISSN  2211-1247. PMC 5918694 . PMID  29617658. 
  81. ^ Knijnenburg, Theo A.; Wang, Linghua; Zimmermann, Michael T.; Chambwe, Nyasha; Gao, Galen F.; Cherniack, Andrew D.; Fan, Huihui; Shen, Hui; Way, Gregory P.; Greene, Casey S.; Liu, Yuexin (3 de abril de 2018). "Paisaje genómico y molecular de la deficiencia en la reparación del daño del ADN en el Atlas del genoma del cáncer". Cell Reports . 23 (1): 239–254.e6. doi :10.1016/j.celrep.2018.03.076. ISSN  2211-1247. PMC 5961503 . PMID  29617664. 
  82. ^ Peng, Xinxin; Chen, Zhongyuan; Farshidfar, Farshad; Xu, Xiaoyan; Lorenzi, Philip L.; Wang, Yumeng; Cheng, Feixiong; Tan, Lin; Mojumdar, Kamalika; Du, Di; Ge, Zhongqi (3 de abril de 2018). "Caracterización molecular y relevancia clínica de los subtipos de expresión metabólica en cánceres humanos". Cell Reports . 23 (1): 255–269.e4. doi :10.1016/j.celrep.2018.03.077. ISSN  2211-1247. PMC 5916795 . PMID  29617665. 
  83. ^ Ge, Zhongqi; Leighton, Jake S.; Wang, Yumeng; Peng, Xinxin; Chen, Zhongyuan; Chen, Hu; Sol, Yutong; Yao, Fan; Li, junio; Zhang, Huiwen; Liu, Jianfang (3 de abril de 2018). "Análisis genómico integrado de la vía de la ubiquitina en todos los tipos de cáncer". Informes celulares . 23 (1): 213–226.e3. doi :10.1016/j.celrep.2018.03.047. ISSN  2211-1247. PMC 5916807 . PMID  29617661. 
  84. ^ Seiler, Michael; Peng, Shouyong; Agrawal, Anant A.; Palacino, James; Teng, Teng; Zhu, Ping; Smith, Peter G.; Cancer Genome Atlas Research Network; Buonamici, Silvia; Yu, Lihua (3 de abril de 2018). "Paisaje mutacional somático de los genes de factores de empalme y sus consecuencias funcionales en 33 tipos de cáncer". Cell Reports . 23 (1): 282–296.e4. doi :10.1016/j.celrep.2018.01.088. ISSN  2211-1247. PMC 5933844 . PMID  29617667. 
  85. ^ Korkut, Anil; Zaidi, Sobia; Kanchi, Rupa S.; Rao, Shuyun; Gough, Nancy R.; Schultz, Andre; Li, Xubin; Lorenzi, Philip L.; Berger, Ashton C.; Robertson, Gordon; Kwong, Lawrence N. (24 de octubre de 2018). "Un análisis de todo el cáncer revela alteraciones genéticas de alta frecuencia en los mediadores de la señalización de la superfamilia TGF-β". Cell Systems . 7 (4): 422–437.e7. doi :10.1016/j.cels.2018.08.010. ISSN  2405-4712. PMC 6370347 . PMID  30268436. 
  86. ^ Wang, Yumeng; Xu, Xiaoyan; Maglic, Dejan; Eneldo, Michael T.; Mojumdar, Kamalika; Ng, Patrick Kwok-Shing; Jeong, Kang Jin; Tsang, Yiu Huen; Moreno, Daniela; Bhavana, Venkata Hemanjani; Peng, Xinxin (30 de octubre de 2018). "Caracterización molecular integral de la vía de señalización del hipopótamo en el cáncer". Informes celulares . 25 (5): 1304–1317.e5. doi :10.1016/j.celrep.2018.10.001. ISSN  2211-1247. PMC 6326181 . PMID  30380420. 
  87. ^ Corces, M. Ryan; Granja, Jeffrey M.; Shams, Shadi; Louie, Bryan H.; Seoane, Jose A.; Zhou, Wanding; Silva, Tiago C.; Groeneveld, Clarice; Wong, Christopher K.; Cho, Seung Woo; Satpathy, Ansuman T. (2018-10-26). "El panorama de accesibilidad de la cromatina de los cánceres humanos primarios". Science . 362 (6413). Bibcode :2018Sci...362.1898C. doi :10.1126/science.aav1898. ISSN  0036-8075. PMC 6408149 . PMID  30361341. 

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