El lago Santa Fe es un lago de 2370 ha (5850 acres) que se alimenta de las filtraciones del acuífero de Floridan en el noreste del condado de Alachua , Florida . El lago se encuentra completamente en el condado de Alachua, pero está delimitado al este y al sur por el condado de Bradford , el condado de Clay y el condado de Putnam . El límite del condado de Alachua se extiende hasta la línea de marea alta ordinaria (normalmente la costa), que está a 43 m (141 pies) sobre el nivel medio del mar.
Forma las cabeceras del río Santa Fe , saliendo de una "pequeña" zona norte (Little Lake Santa Fe) y desembocando en el río Suwannee . El lago Santa Fe ofrece abundante vida silvestre , excelente pesca y navegación recreativa . Es uno de los lagos más grandes y estables de Florida.
En el "paso" entre el brazo sur "grande" y el lago Little , hay bancos de sábalos en Santa Fe y la pesca suele ser buena para los bancos de lubina negra y lubinas de sol. Hay numerosas casas alrededor del lago, la mayoría con muelles y botes para esquí; la pesca siempre es mejor temprano y tarde o de noche y los días de semana. A pesar del desarrollo, el hábitat de los peces es excepcional, con muchas áreas de cipreses calvos y praderas de pastos saludables. El lago fue abastecido con 44.500 lubinas rayadas híbridas en abril de 2005. La repoblación anterior del lago se produjo en 1997.
El lago Santa Fe es el tercero más estable de los 120 lagos estudiados en Florida, así como uno de los más claros. El estado de Florida lo designó como una fuente de agua excepcional de Florida . Se sustenta con agua que fluye por el extremo sur del acuífero intermedio que aflora en el fondo del lago. También es un ejemplo bastante profundo de lago kárstico , con varios puntos de 30 pies (9,1 m) o más.
El lago Santa Fe era el más grande de una serie de lagos que se conectaron mediante canales de dragado en las décadas de 1870 y 1880 para que los barcos pudieran viajar entre Melrose, Florida (en ese momento el centro de una próspera industria de cítricos y turismo) y Waldo , la terminal ferroviaria . El canal se dragó desde Little Lake Santa Fe hasta Lake Alto . Este canal es visible hoy en día. El agua y el ferrocarril eran los principales medios de transporte de pasajeros y mercancías en toda Florida en ese momento. La prosperidad en esta área siguió a la Reconstrucción . El primer barco que realizó el viaje a través del sistema de canales fue el "Fannie S. Lewis" en 1880, y el último fue el "City of Melrose" en 1925. Las carreteras mejoradas y el automóvil condenaron la era de los barcos de vapor en el condado de Alachua y los canales cayeron en desuso.
Las comunidades rurales no incorporadas de Melrose y Earleton están ubicadas en el lago. Al norte de los lagos se encuentra el pantano de Santa Fe , principalmente un área de conservación ambiental y de vida silvestre administrada por el Distrito de Gestión del Agua del Río Suwannee .