DPVweb es una base de datos para virólogos que trabajan con virus de plantas que combina datos taxonómicos , bioinformáticos y de síntomas .
DPVweb es una fuente central de información basada en la web sobre virus , viroides y satélites de plantas , hongos y protozoos . [1]
Proporciona información taxonómica completa, incluyendo breves descripciones de cada familia y género, y listas clasificadas de secuencias de virus. Hace uso de una gran base de datos que también contiene información detallada y curada de todas las secuencias de virus, viroides y satélites de plantas, hongos y protozoos que están completos o que contienen al menos un gen completo. Actualmente hay alrededor de 10.000 de esas secuencias. Para fines comparativos, DPVweb también contiene una secuencia representativa de todas las demás especies de virus completamente secuenciadas con un genoma de ARN o ADN monocatenario . Para cada secuencia curada, la base de datos contiene las posiciones de inicio y final de cada característica ( gen , región no traducida, etc.), y se ha comprobado su precisión. En la medida de lo posible, la nomenclatura de genes y proteínas está estandarizada dentro de los géneros y familias. Las secuencias de características (ya sea como secuencias de ADN o de aminoácidos ) se pueden descargar directamente desde el sitio web en formato FASTA . [ cita requerida ]
También se puede acceder a la información de la secuencia a través del software cliente para computadoras personales.
Las Descripciones de Virus de Plantas (DPVs) fueron publicadas por primera vez por la Asociación de Biólogos Aplicados en 1970 como una serie de folletos, cada uno escrito por un experto que describía un virus de planta en particular. [2] En 1998, se escanearon las 354 DPV publicadas en papel y se convirtieron a un formato electrónico en una base de datos y se distribuyeron en CDROM. En 2001, las descripciones se pusieron a disposición en el nuevo sitio web de DPV, proporcionando acceso abierto a las más de 400 DPV (actualmente 415), así como a los datos taxonómicos y de secuencias de todos los virus de plantas.
DPVweb es una ayuda para los investigadores en el campo de la virología de las plantas, así como un recurso educativo para estudiantes de virología y biología molecular .
El sitio ofrece un único punto de acceso a todas las secuencias genómicas de virus de plantas conocidas, lo que facilita la recopilación de estas secuencias para su posterior análisis y comparación. Los datos de secuencias de la base de datos DPVweb han resultado valiosos para varios proyectos: