Representación visual de la estructura de las proteínas
Ejemplo de una secuencia de aminoácidos representada en una rueda helicoidal. Los residuos alifáticos se muestran como cuadrados azules, los residuos polares o con carga negativa como rombos rojos y los residuos con carga positiva como octógonos negros.
Una rueda helicoidal es un tipo de gráfico o representación visual que se utiliza para ilustrar las propiedades de las hélices alfa en las proteínas .
La secuencia de aminoácidos que componen una región helicoidal de la estructura secundaria de la proteína se traza de manera rotatoria donde el ángulo de rotación entre aminoácidos consecutivos es de 100°, de modo que la representación final mira hacia abajo sobre el eje helicoidal.
Las ruedas helicoidales se pueden dibujar mediante una variedad de paquetes de software, incluidos helixvis [2] en R , heliquest en R o mediante el servidor HELIQUEST. [3]
Referencias
^ Schiffer M, Edmundson AB (1967). "Uso de ruedas helicoidales para representar las estructuras de proteínas e identificar segmentos con potencial helicoidal". Biophysical Journal . 7 (2): 121–35. Bibcode :1967BpJ.....7..121S. doi :10.1016/S0006-3495(67)86579-2. PMC 1368002 . PMID 6048867.
^ Wadhwa, R; Subramanian, V; Stevens-Truss, R (2018). "Visualización de péptidos alfa-helicoidales en R con helixvis". Revista de software de código abierto . 3 (31): 1008. Bibcode :2018JOSS....3.1008W. doi : 10.21105/joss.01008 .
^ Gautier, R; Douguet, D; Antonny, B; Drin, G (2008). "HELIQUEST: un servidor web para examinar secuencias con propiedades alfa-helicoidales específicas". Bioinformática . 24 (18): 2101–2102. doi : 10.1093/bioinformatics/btn392 . PMID 18662927.
Lectura adicional
Mount DM (2004). Bioinformática: análisis de secuencias y genomas (2.ª edición). Cold Spring Harbor, Nueva York: Cold Spring Harbor Laboratory Press. ISBN 0-87969-712-1.
