El recurso Eukaryotic Linear Motif (ELM) es un recurso de biología computacional (desarrollado en el Laboratorio Europeo de Biología Molecular (EMBL)) para investigar motivos lineales cortos (SLiM) en proteínas eucariotas . [2] [3] Actualmente es la colección más grande de clases de motivos lineales con instancias de motivos lineales anotadas y validadas experimentalmente.
Los motivos lineales se especifican como patrones mediante reglas de expresión regular . Estas expresiones se utilizan en el proceso de predicción ELM, que detecta instancias de motivos putativos en secuencias de proteínas. Para mejorar el poder predictivo, se están desarrollando y aplicando reglas basadas en el contexto y filtros lógicos para reducir la cantidad de coincidencias de falsos positivos .
En 2010, ELM contenía 146 motivos diferentes que anotaban más de 1300 instancias determinadas experimentalmente dentro de las proteínas. [3] La versión actual del servidor ELM proporciona filtrado por compartimento celular, filogenia, conflicto de dominio globular (usando las bases de datos SMART / Pfam ) y estructura. [4] Además, se identifican y muestran tanto las instancias ELM conocidas como cualquier coincidencia conservada posicionalmente en secuencias similares a las secuencias de instancias ELM.
Véase también
Referencias
- ^ Dinkel, Holger; Michael Sushama; Weatheritt Robert J; Davey Norman E; Van Roey Kim; Altenberg Brigitte; Toedt Grischa; Uyar Bora; Seiler Markus; Budd Aidan; Jödicke Lisa; Dammert Marcel A; Schroeter cristiano; Martillo María; Schmidt Tobías; Jehl Peter; Carolina McGuigan; Dymečka Magdalena; Chica Claudia; Suerte Katja; Vía Allegra; Chatr-Aryamontri Andrés; Haslam Niall; Grebnev Gleb; Edwards Richard J; Steinmetz Michel O; Meiselbach-Heike; Diella Francesca; Gibson Toby J (enero de 2012). "ELM: la base de datos de motivos lineales eucariotas". Investigación de ácidos nucleicos . 40 (D1): D242-D251. doi : 10.1093/nar/gkr1064. Número de modelo : PMID 22110040 .
- ^ Puntervoll P, Linding R, Gemünd C, et al. (julio de 2003). "Servidor ELM: un nuevo recurso para investigar sitios funcionales cortos en proteínas eucariotas modulares". Nucleic Acids Res . 31 (13): 3625–30. doi :10.1093/nar/gkg545. PMC 168952 . PMID 12824381.
- ^ ab Gould CM, Diella F, Via A, et al. (enero de 2010). "ELM: el estado del recurso de motivos lineales eucariotas de 2010". Nucleic Acids Res . 38 (número de la base de datos): D167–80. doi :10.1093/nar/gkp1016. PMC 2808914 . PMID 19920119.
- ^ Via A, Gould CM, Gemünd C, Gibson TJ, Helmer-Citterich M (2009). "Un filtro de estructura para el recurso de motivo lineal eucariota". BMC Bioinformatics . 10 : 351. doi : 10.1186/1471-2105-10-351 . PMC 2774702 . PMID 19852836.
Enlaces externos
