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Recurso sobre motivos lineales eucariotas

El recurso Eukaryotic Linear Motif (ELM) es un recurso de biología computacional (desarrollado en el Laboratorio Europeo de Biología Molecular (EMBL)) para investigar motivos lineales cortos (SLiM) en proteínas eucariotas . [2] [3] Actualmente es la colección más grande de clases de motivos lineales con instancias de motivos lineales anotadas y validadas experimentalmente.

Los motivos lineales se especifican como patrones mediante reglas de expresión regular . Estas expresiones se utilizan en el proceso de predicción ELM, que detecta instancias de motivos putativos en secuencias de proteínas. Para mejorar el poder predictivo, se están desarrollando y aplicando reglas basadas en el contexto y filtros lógicos para reducir la cantidad de coincidencias de falsos positivos .

En 2010, ELM contenía 146 motivos diferentes que anotaban más de 1300 instancias determinadas experimentalmente dentro de las proteínas. [3] La versión actual del servidor ELM proporciona filtrado por compartimento celular, filogenia, conflicto de dominio globular (usando las bases de datos SMART / Pfam ) y estructura. [4] Además, se identifican y muestran tanto las instancias ELM conocidas como cualquier coincidencia conservada posicionalmente en secuencias similares a las secuencias de instancias ELM.

Véase también

Referencias

  1. ^ Dinkel, Holger; Michael Sushama; Weatheritt Robert J; Davey Norman E; Van Roey Kim; Altenberg Brigitte; Toedt Grischa; Uyar Bora; Seiler Markus; Budd Aidan; Jödicke Lisa; Dammert Marcel A; Schroeter cristiano; Martillo María; Schmidt Tobías; Jehl Peter; Carolina McGuigan; Dymečka Magdalena; Chica Claudia; Suerte Katja; Vía Allegra; Chatr-Aryamontri Andrés; Haslam Niall; Grebnev Gleb; Edwards Richard J; Steinmetz Michel O; Meiselbach-Heike; Diella Francesca; Gibson Toby J (enero de 2012). "ELM: la base de datos de motivos lineales eucariotas". Investigación de ácidos nucleicos . 40 (D1): D242-D251. doi : 10.1093/nar/gkr1064. Número  de serie  : 22110040 .
  2. ^ Puntervoll P, Linding R, Gemünd C, et al. (julio de 2003). "Servidor ELM: un nuevo recurso para investigar sitios funcionales cortos en proteínas eucariotas modulares". Nucleic Acids Res . 31 (13): 3625–30. doi :10.1093/nar/gkg545. PMC 168952 . PMID  12824381. 
  3. ^ ab Gould CM, Diella F, Via A, et al. (enero de 2010). "ELM: el estado del recurso de motivos lineales eucariotas de 2010". Nucleic Acids Res . 38 (número de la base de datos): D167–80. doi :10.1093/nar/gkp1016. PMC 2808914 . PMID  19920119. 
  4. ^ Via A, Gould CM, Gemünd C, Gibson TJ, Helmer-Citterich M (2009). "Un filtro de estructura para el recurso de motivo lineal eucariota". BMC Bioinformatics . 10 : 351. doi : 10.1186/1471-2105-10-351 . PMC 2774702 . PMID  19852836. 

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